Vous participerez à la conception, l’optimisation et la mise en place des protocoles expérimentaux ainsi qu’à l’acquisition et l’analyse à des données.
Vous développerez une expertise des outils logiciels existants adaptés à l’analyse des données IRM produites sur la plate-forme et participerez à l’exploitation et à l’évolution de dispositifs expérimentaux du plateau IRM 3T.
Vous travaillerez en collaboration et sous l’autorité de Laurent LAMALLE, physicien spécialisé en IRM, en concertation avec le Professeur Alexandre KRAINIK, neuroradiologue responsable de la composante clinique et cognitive et également en collaboration avec J. WARNKING, chercheur physicien spécialiste IRM, J. PIETRAS, L. MIQUEL, ingénieur hospitalier et manipulatrice en électroradiologie et Éric CONDAMINE, Ingénieur de Recherche “développements logiciels / traitement d’images”.
Activités principales :
– Vous participerez à la conception et à la mise en place des protocoles de recherche et pour cela,
vous participerez à l’optimisation des acquisitions, de leur analyse, à la validation du protocole.
vous étudierez les besoins scientifiques, proposerez les techniques et méthodes de mesure, de caractérisation ou d’observations adaptées.
vous étudierez les projets et conseillerez les utilisateurs pour assurer la faisabilité du protocole en analysant les contraintes expérimentales et proposerez les adaptations et évolutions nécessaires de la chaîne expérimentale.
vous participerez au développement de séquences d’acquisition IRM (après formation spécifique).
vous participerez au développement ou à l’intégration des systèmes expérimentaux de la plate-forme (typiquement : périphériques compatibles IRM, voire scanner IRM lui-même).
– Vous participerez aux acquisitions et les encadrerez :
vous formerez à l’utilisation des dispositifs expérimentaux.
vous analyserez, interpréterez, validerez les données.
vous vous impliquerez scientifiquement dans l’analyse des données des utilisateurs.
vous participerez à et encadrerez la sauvegarde des données.
– Vous suivrez et rapporterez le déroulement des protocoles :
vous maintiendrez à jour le tableau de bord du déroulement des protocoles.
vous veillerez au fonctionnement et à la sécurité des dispositifs expérimentaux.
– Vous participerez au développement d’une expertise dans l’analyse des données produites sur la plate-forme :
– Vous explorerez et évaluerez des données acquises sur la plate-forme et des outils de traitement adaptés à ces données.
vous participerez à la veille scientifique et technologique et sa structuration, en particulier concernant les outils de traitement et analyse d’images et de signaux utiles à la plate-forme et à ses utilisateurs, vous conseillerez ceux-ci.
vous définirez des « pipelines » de traitement de référence, proposerez des solutions d’analyse « clés en main » et « à l’état de l’art » des données produites sur la plate-forme adaptées aux hypothèses de recherche de ses utilisateurs.
vous intégrerez certains « pipelines » de traitement identifiés comme prioritaires dans un environnement en rendant l’usage abordable par d’autres utilisateurs. Vous participerez au développement des services de traitement et d’analyse d’images et de signaux.
En fonction des demandes des utilisateurs (cliniciens, chercheurs ou industriels), vous irez jusqu’à vous impliquer scientifiquement dans l’analyse de leurs données.
– Vous présenterez, diffuserez et valoriserez les réalisations du plateau.
– Vous serez amener à interagir avec les ingénieurs des plateaux analogues en France et à l’international.
Doctorat / Diplôme d’ingénieur
Connaître la physique et de l’IRM en particulier. Au minimum : bases physiques de l’IRM, compréhension des phénomènes à l’origine des contrastes et des artefacts en IRM. Connaître l’instrumentation scientifique, maîtrise technique/configuration de l’informatique associée. Avoir un intérêt et/ou une expérience d’algorithmes de “Deep Learning”, “Machine Learning”, “Artificial Intelligence”, et un recul sur ces nouvelles approches par rapport à celles établies. Posséder des connaissances fondamentales en statistiques, notamment en lien avec les traitements que réalisent les outils cités ci-dessous. Maîtriser la langue anglaise : B2 voire C1. Savoir concevoir et optimiser des protocoles d’acquisition IRM. Maîtriser les outils d’analyse de données IRM (structurales, fonctionnelles, pondérées en diffusion, en perfusion, spectroscopiques, etc.) classiques, tels que SPM12, FSL, MRTRIX3, mriPrep, jMRUI, LC-MODEL, OSPREY, par exemple. Maîtriser les codes informatiques : python, Matlab, C/C++, environnements de développement, systèmes de suivi de versions (git), principalement sous Linux et/ou Windows. Piloter un projet. Animer une réunion. Rigueur et probité scientifiques, sens critique, éthique, fiabilité. Capacité de conceptualisation. Démontrer de réelles capacités à travailler en équipe. Posséder des aptitudes à l’ouverture et au dialogue avec des interlocuteurs de spécialités variées.
Vous percevrez en plus de votre salaire un régime indemnitaire d’un montant mensuel brut de 544 €.
Type de recrutement : Poste ouvert en CDD
Quotité de travail : 100%
Niveau d’emploi : A – IGR / Attaché.e principal.e
Durée du contrat : Du 02 janvier 2023 au 31 décembre 2023
Afin d’avoir de plus amples information sur la structure UMS IRMaGe, nous vous invitons à consulter le site site internet d’IRMaGe ainsi que celui du plateau IRM 3T corps entier.
Le plateau technique se situe dans les locaux « IRM 3T Recherche » au CHU Grenoble Alpes.
L’équipe propose un environnement d’acquisition d’images par Résonance Magnétique principalement sur la personne humaine, pour des applications de recherche ou de diagnostic clinique. La configuration du scanner IRM mis à disposition des projets des utilisateurs (communauté scientifique, cliniciens, industriels) s’efforce d’être à l’état de l’art, comme ses prestations d’acquisition, de conseil à l’élaboration des projets, d’expertise scientifique.
Les principales applications actuellement réalisées ciblent le cerveau sain ou pathologique, ses caractéristiques morphologiques macroscopiques (volumétrie) et microscopiques (imagerie de diffusion), ses caractéristiques fonctionnelles (IRM fonctionnelle (IRMf) en contraste BOLD, imagerie de perfusion DSC et ASL).
L’évolution constante des équipements, des techniques et des outils d’analyse nécessite une forte coordination de l’ensemble de la chaîne de production des données scientifiques afin d’assurer leur qualité, leur robustesse.
