Date de l'annonce : mercredi 12 juillet 2023

Intitulé du poste : CDD Ingénieur.e developpement de codes de calcul haute performance (HPC)

Type de structure : L’équipe Ginkgo de l’Unité BAOBAB de NeuroSpin (dirigée par Cyril Poupon) travaille au développement de méthodes d’inférence de la connectivité anatomique et de la microstructure du cerveau humain à très haute résolution, en étroite collaboration avec l’équipe Fiber Architecture dirigée par le Pr. Markus Axer de l’Institut de Neurosciences et de Médecine du Forschungszentrum Jülich (INM 1, FZJ, Julich).

Contexte et mission : L'équipe Ginkgo de l'Unité BAOBAB de NeuroSpin, dirigée par Cyril Poupon, recrute un.e ingénieur H/F en CDD en charge du développement de codes de calcul à haute performance (HPC), de visualisation à haute performance et de services web pour l’analyse et la mise à disposition de Big Data individuelles de très haute résolution en IRM de diffusion et en microscopie PLI.


Initiée dans le cadre du Human brain Project (HBP, https://human-brain-project.eu) depuis plus de dix ans, la collaboration entre les deux équipes s’est renforcée au travers de la création de l’Institut franco-allemand AIDAS créé conjointement par le CEA et le FZJ, qui vise notamment au déploiement des techniques de calcul à haute performance et d’intelligence artificielle pour cartographier le cerveau humain à des échelles spatiales jamais atteintes jusqu’à présent. Les équipes Ginkgo et Fiber Architecture s’intéressent plus précisément aux connexions cérébrales et ont développé depuis plus de 2 décennies des expertises en IRM de diffusion, en imagerie optique polarisée (ou PLI) et en reconstruction des fibres (ou tractographie) qui permettent aujourd’hui l’inférence des connexions cérébrales à partir de données d’IRM de diffusion
acquises in ou ex vivo, ou à partir de données microscopiques ex vivo de PLI. Récemment, dans le cadre du projet HBP, l’équipe de NeuroSpin a scanné une pièce anatomique (mise à disposition par l’équipe du Pr Christophe Destrieux de l’unité iBrain de Tours) pendant plus de deux années sur un instrument d’imagerie par résonance magnétique (IRM) doté d’un champ magnétique de 11.7 tesla qui a permis d’obtenir pour la première fois au monde sur un cerveau complet des données d’imagerie anatomique et de diffusion de résolution mésoscopique (~100um). En parallèle, les équipes française et allemande ont scanné en IRM et scannent actuellement en PLI une seconde pièce anatomique qui devrait permettre d’obtenir des
données de résolution microscopique de ces connexions sur l’ensemble du cerveau.
Les deux équipes développent actuellement de nouvelles méthodes d’inférence de la connectivité anatomique (dite également de tractographie) qui reposent sur un modèle de verres de spin permettant une approche globale du problème plus robuste au bruit des images et plus enclin à permettre la reconstruction du problème inverse d’inférence des connexions à partir de l’information locale de leur directionnalité. Elles développent également de nouveaux modèles locaux des processus biophysiques en jeu en IRM de diffusion et en PLI qui permettent d’estimer localement des paramètres caractéristiques de la microstructure du tissu cérébral.

Lieu : NeuroSpin, CEA Paris Saclay . Dans le cadre de cette mission, le candidat sera amené à se rendre régulièrement au sein des unités partenaires à Tours et Jûlich en Allemagne, afin de participer aux réunions techniques et scientifiques avec les partenaires du projet (iBrain et INM1).

Rémunération : Selon diplômes et expérience

Diplômes requis : Diplôme d’ingénieur (ou équivalent) - Compétences informatiques suivantes:  développement logiciel dans les langages C++ et Python,  computer graphics avec une maîtrise des technologies OpenGL et Web-GL,  développement de web-services (via l’utilisation du web toolkit https://www.webtoolkit.eu/wt), ainsi qu’une maîtrise :  du design logiciel orienté objet (design patterns, …),  des outils de versionnage conventionnels (git) et des dépôts associés (GitLab, GitHub),  des outils de conteneurisation (Docker, Singularity).

Compétences requises : Des connaissances en neuroimagerie seraient un plus. Le candidat devra savoir travailler de manière autonome, avoir un goût prononcé pour le travail en équipe, et être familier de la conduite de projets internationaux (maîtrise de l’anglais tant à l’écrit quà l’oral).

Contact : veuillez adresser un CV et une lettre de motivation par voie électronique à ivy.uszynski@cea.fr et cyril.poupon@cea.fr.