Posted on : Monday 15 February 2021

Job title : CDD Ingénieur.e d’étude en neuroimagerie

Organization : CATI (Centre pour l’Acquisition et le Traitement des Images) : http://www.cati-neuroimaging.com
Institut du Cerveau, Paris

Mission : La plateforme CATI (Centre pour l’Acquisition et le Traitement des Images), dédiée à l’harmonisation et à l’analyse des données de neuroimagerie dans le cadre de projets multicentriques de recherche clinique, a été créée début 2011 dans le cadre du plan Alzheimer (http://www.cati-neuroimaging.com). Le démarrage de cette plateforme s’est appuyé sur une grande variété d’expertises provenant de plusieurs équipes de recherche, à Neurospin (CEA - INRIA), à l’ICM (CNRS - SU - ICM - INRIA ) et au LIB (SU - INSERM - CNRS). Elle s’appuie aujourd’hui sur un réseau national d’une soixantaine de services d’imagerie (IRM, TEP et TEMP) auquel s’ajoutent une dizaine de centres européens. Une trentaine de projets de recherche français font aujourd’hui appel à ses services, qui s’étendent du design et l’implémentation de protocoles d’acquisition jusqu’à la mise à disposition des données acquises et des résultats d’analyses sur un serveur web sécurisé. Les acquisitions réalisées dans le cadre des projets de recherche sont collectées grâce à une solution sécurisée pour être analysées de manière centralisée à l’ICM, Neurospin et au LIB. Ces analyses sont effectuées avec un niveau de qualité élevé grâce à une organisation systématisée de leur production à partir de logiciels de référence, dont certains ont initialement été conçus au sein des équipes de recherche à l’origine du CATI.
Un poste d’ingénieur d’étude est à pourvoir à l’ICM au sein de l’équipe CATI. Le/la candidat/e sera chargé/e d’assurer le bon déroulement du contrôle qualité et des analyses d’images via des chaînes de traitements d’images. Il/elle sera chargé/e d’assurer la qualité des données d’imagerie et des résultats des traitements réalisés, ainsi que le respect des délais en terme de demande des utilisateurs, en collaboration avec les ingénieurs et attachés de recherche cliniques de l’équipe CATI. Il/elle participera à la bonne intégration des données et résultats d’analyses dans la base de données centralisées. Il/Elle sera amené/e à travailler sur des missions de suivi de la qualité globale des acquisitions et traitements ainsi que des améliorations en terme d’ergonomie et de performances sur les chaînes de traitements.
IE – neuroimagerie - CATI
Activités:
● Prendre en charge le contrôle qualité des données de neuroimagerie (IRM et/ou TEP/TEMP) collectées dans la plateforme logicielle dédiée en relation avec les attachés de recherche clinique de l’équipe
● Participer à la planification des traitements d’image par rapport aux contraintes des utilisateurs
● Prendre en charge la réalisation des traitements demandés et leur contrôle qualité dans l’environnement logiciel unifié (BrainVISA, intégrant des chaînes de traitements provenant de différentes suites logicielles accessibles à la communauté), en relation avec les ingénieurs de l’équipe
● Participer à l’intégration des données collectées dans le flux CATI
● Assurer le fonctionnement et participer à l’amélioration des chaînes de traitements et contrôle qualité dans l’environnement CATI
● Mener des missions d’analyse et de suivi global de la qualité de certaines chaînes de traitements et données
● Participer à la rédaction des procédures pour l’utilisation des chaînes de traitement et leur contrôle qualité
● Participer à l’amélioration de l’ergonomie et de la performance de chaînes de traitements dans l’environnement CATI, l’intégration de nouvelles chaînes de traitements et assurer le passage en production de ces améliorations en relation avec les ingénieurs de l’équipe

Locality : Institut du cerveau, Paris

Remuneration : CDD de 1 an selon expérience

Degrees required : Titulaire d’un diplôme professionnalisant de niveau bac +3 ou bac +5 en informatique / bio informatique ou dans l’imagerie médicale ou les neurosciences

Skills required : Connaissances / compétences : ● Connaissances en acquisition et/ou traitement de données en neuroimagerie ● Connaissances en programmation informatique (langage Python, si possible) ● Expérience dans le traitement de données (de préférence dans un environnement Linux) ● Maîtrise des outils de bureautique. ● Maîtrise de l’anglais technique à l’écrit et à l’oral. ●Capacité d’adaptation à un environnement de recherche pluridisciplinaire ● Capacité à travailler en équipe ● Organisation et rigueur ● Flexibilité et sens de l’initiative

Contact : Marie CHUPIN : marie.chupin@upmc.fr ; Emmanuelle GOURIEUX : emmanuelle.gourieux@icm-institute.org ; Fouzia EL MOUNTASSIR : fouzia.elmountassir@icm-institute.org