Poste d’Ingénieur(e) de Recherche pour la structuration de données d’imagerie photonique
Contexte et mission :
Le contexte:
L’Institut des Neurosciences de la Timone (INT UMR7289 CNRS – amU) situé sur le campus de la Timone à Marseille, est une unité mixte de recherche spécialisée en neurosciences. L’INT regroupe environ 200 personnes, réparties en 13 équipes scientifiques et 7 plateformes technologiques, travaillant à l’étude du système nerveux à travers les échelles (du moléculaire aux fonctions cognitives) et les modèles animaux. L’INT développe depuis plusieurs années différentes approches en imagerie photonique (Plateforme INPHIM) pour renforcer les projets menés par les équipes de recherche. Ces études sont indispensables aux neurosciences modernes puisqu’elles permettent de caractériser au niveau anatomique les réseaux neuronaux qui sous-tendent aux fonctions étudiées. Ces études anatomiques génèrent un volume important de données sous des formats différents et demandent la mise en place de procédure de structuration et gestion optimisées. Depuis 2012, le laboratoire a créé une infrastructure informatique solide, couvrant les réseaux, les systèmes, les moyens de calcul et de stockage centralisés. Cette stratégie a permis de répondre sur certains aspects à la problématique de la gestion des données. Toutefois, avec les besoins croissants que l’INT rencontrent, il est nécessaire de développer et d’optimiser de nouveaux modes de gestion et traitement de données scientifiques complexes tout en répondant aux enjeux de la science ouverte.
Le poste:
L’ingénieur·e sera intégré·e au service informatique de l’INT, le NIT (Neuroinformatics and Information Technology), composé de 9 personnes, et travaillera en étroite collaboration avec la plateforme d’imagerie photonique INPHIM (Ivo Vanzetta et Alberto Lombardini, respectivement responsables scientifiques et opérationnels). Il/elle sera directement encadré·e par Arnaud Le Troter (pilote et coordinateur du projet FAIR2Lense, financé par la fondation Amidex pour ce poste). Il/elle sera supervisé·e par Nicolas Wanaverbecq, porteur du projet.
La mission:
En collaboration avec l’équipe de chercheurs et techniciens des plateformes NIT et INPHIM, l’ingénieur·e de recherche mettra en œuvre la structuration, la standardisation et la sécurisation des données d’imagerie photonique produites au sein de l’Institut. Il/elle sera responsable de la mise en place et du maintien des outils FAIR (OMERO, BIDS, eLabFTW) et assurera l’interface technique avec les plateformes régionales et nationales (Datacenter amU, 4Domics, FBI.data).
Activités principales:
• Déployer, configurer et maintenir la base OMERO pour les données anatomiques et fonctionnelles.
• Intégrer à la chaîne de traitement les métadonnées selon les standards BIDS/eLabFTW
• Assurer la traçabilité et la reproductibilité des données dès l’acquisition.
• Collaborer avec les équipes des plateformes pour faciliter l’adoption des outils par les utilisateurs.
• Gérer les transferts et l’archivage des données sur les serveurs locaux de l’INT et nationaux (4Domics, FBI.data).
• Développer des pipelines d’automatisation de traitements liés à l’organisation des données.
• Participer à la formation et au support des utilisateurs des plateformes d’imagerie.
• Contribuer à la documentation et aux bonnes pratiques pour assurer la pérennité du système.
Durée du contrat : CDD 24 mois (renouvelable)
Avec objectif de titularisation du poste
Date d’embauche prévue entre juin et octobre 2026
Quotité de travail : Temps complet (100 %)
Diplômes requis :
Nous recherchons un·e candidat·e diplômé·e d’une école d’ingénieur ou titulaire d’un Master 2 (ou+) en informatique, avec un intérêt marqué pour l’imagerie, la science des données, la neuro-informatique et les approches open source. Un doctorat, ou une expérience préalable en tant qu’ingénieur·e de recherche, serait un atout important. Une expérience du développement logiciel collaboratif (contributions à des projets open source) sera particulièrement appréciée. Ce poste pourra également offrir des perspectives de poursuite ou de recrutement à l’issue du contrat.
Compétences requises :
• Connaissances
o Outils de gestion de bases de données scientifiques et des standards FAIR (OMERO, BIDS,eLabFTW).
o Format d’images photoniques
o Langages python – plugin Fiji – Napari
o Infrastructures de stockage distribuées et des systèmes iRODS
• Opérationnelles
o Outils Informatique, programmation, algorithmique
o Méthodes d’analyse des données massives : gérer, traiter des données d’imagerie biologiques complexes, hétérogènes
o Langue anglaise : niveau B2 à C1 (cadre européen commun).
o Capacité à configurer, administrer et maintenir des bases de données scientifiques.
o Aptitude à structurer et standardiser des données de format hétérogène.
• Savoir-faire savoir-être
o Rigueur et méthode pour la documentation et la traçabilité.
o Pédagogie et capacité à former et accompagner les utilisateurs.
o Capacité à travailler en interface avec des équipes pluridisciplinaires.
o Esprit d’initiative pour anticiper et résoudre des problèmes techniques.
Rémunération :
Rémunération à préciser selon la grille règlementaire BIATSS amU et expérience
Structure :
Employeur:
Au premier rang des universités françaises et francophones, Aix-Marseille Université (amU) regroupe 78 000 étudiants, 8 000 personnels, 122 structures de recherche en lien avec les plus grands organismes dans ce domaine. 5 grands campus accueillent les étudiants et tous les champs universitaires qu’il est possible d’étudier en France. La diversité des sites permet de proposer aujourd’hui des opportunités de carrière uniques.
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