FLI
In this section, you will find internships, thesis, post-doctorates, fixed-term and permanent contract vacancies in the network’s partner laboratories.
Liste des annonces
2018/03/20 – Post-doctoral position in multiparametric MRI of nonalcoholic steatohepatitis, LBI-CRI, Paris
Quantitative MRI offers promise in the diagnosis of inflammation and fibrosis in patients with nonalcoholic steatohepatitis (NASH), a frequent complication in type 2 diabetes. The Quid-NASH project in our laboratory aims to develop and validate multimodal non-invasive biomarkers of NASH which will result in a "virtual liver biopsy". Particularly, MR imaging will be used to provide physical quantification of mechanical properties, proton density fat fraction and derived metrics, magnetic susceptibility, water diffusivity, T2 and T1 relaxation times. Moreover, in small animal models of NASH, MRI will be combined with simultaneously acquired ultrafast ultrasound imaging in a hybrid approach. Radiomic analysis and heterogeneous data integration will be part of the project.
The successful candidate will play a key role in the clinical and preclinical studies of the Quid-NASH project. The candidate will be in charge of the development and optimization of the advanced image acquisition procedures. The candidate will ensure rigorous scientific conditions throughout the clinical trial and the small animal studies by interacting with the clinicians and scientists in the project.
The position has a 12-month initial employment basis and is renewable.
2018/03/20 – Post-doctoral position in radiomics of liver diseases, LBI – CRI, Paris
With high-throughput computing, it is now possible to extract innumerable quantitative features from MR images. Moreover, image data are increasingly interpreted in light of complementary data coming from other modalities, including genomics, transcriptomics and metabolomics. Thus, novel challenges in terms of data extraction, analysis and integration are emerging in the field. In response, novel methods such as machine learning or generalized statistical tools are gaining acceptance in the scientific and medical communities.
In this context, the proposed position involves the development, implementation and validation of novel post-processing methods of MR images to obtain imaging biomarkers of chronic liver diseases and liver tumors.
The position has a 12-month initial employment basis and is renewable.
2018/03/20 – Post-doctoral position in radiomics of liver diseases, LBI – CRI, Paris
With high-throughput computing, it is now possible to extract innumerable quantitative features from MR images. Moreover, image data are increasingly interpreted in light of complementary data coming from other modalities, including genomics, transcriptomics and metabolomics. Thus, novel challenges in terms of data extraction, analysis and integration are emerging in the field. In response, novel methods such as machine learning or generalized statistical tools are gaining acceptance in the scientific and medical communities.
In this context, the proposed position involves the development, implementation and validation of novel post-processing methods of MR images to obtain imaging biomarkers of chronic liver diseases and liver tumors.
The position has a 12-month initial employment basis and is renewable.
2018/03/07- CDD chef de projet coordination du nœud Paris centre et de la formation de France Life Imaging
Le réseau national France Life Imaging (FLI) recherche un(e) chef de projet pour assurer:
• L’animation et la coordination du nœud Paris Centre du réseau (40%)
• La coordination de la formation des personnels et des étudiants du réseau (40%)
• La communication nationale (20%)
Durée souhaitée : dès maintenant (CDD 6 mois)
Missions confiées:
• Pour la coordination du nœud Paris Centre,
o Animer le nœud : organiser les réunions du comité de pilotage et les événements
o Gestion des interactions entre les plates-formes et laboratoires de recherche du nœud,
o Rédiger le bilan scientifique et financier de la phase 1 du projet fin 2018 pour le nœud
o Centraliser :
Les relevés de dépenses tout en s’assurant que le budget est respecté, les comptes de résultat
Les coûts complets des différentes plateformes du nœud
• Pour la formation :
o Piloter les aides accordées pour la formation : lettre d’attribution, vérification de l’éligibilité des dépenses, recueil et vérification des justificatifs
o Soutien à la mise en place des formations en lien avec l’INSTN et les organismes de formation continue des tutelles de FLI
• Pour la communication, soutien à la cellule nationale.
Télécharger la fiche de poste
2018/03/07- CDD chef de projet coordination du nœud Paris centre et de la formation de France Life Imaging
Le réseau national France Life Imaging (FLI) recherche un(e) chef de projet pour assurer:
• L’animation et la coordination du nœud Paris Centre du réseau (40%)
• La coordination de la formation des personnels et des étudiants du réseau (40%)
• La communication nationale (20%)
Durée souhaitée : dès maintenant (CDD 6 mois)
Missions confiées:
• Pour la coordination du nœud Paris Centre,
o Animer le nœud : organiser les réunions du comité de pilotage et les événements
o Gestion des interactions entre les plates-formes et laboratoires de recherche du nœud,
o Rédiger le bilan scientifique et financier de la phase 1 du projet fin 2018 pour le nœud
o Centraliser :
Les relevés de dépenses tout en s’assurant que le budget est respecté, les comptes de résultat
Les coûts complets des différentes plateformes du nœud
• Pour la formation :
o Piloter les aides accordées pour la formation : lettre d’attribution, vérification de l’éligibilité des dépenses, recueil et vérification des justificatifs
o Soutien à la mise en place des formations en lien avec l’INSTN et les organismes de formation continue des tutelles de FLI
• Pour la communication, soutien à la cellule nationale.
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2018/03/07 – CDD gestion financière et administrative en soutien à la coordination de l’infrastructure France Life Imaging
FLI a mis en place un comité de pilotage et une cellule nationale pour la coordination opérationnelle. L’organisation générale de la cellule nationale FLI est la suivante : un responsable scientifique et technique, un(e) responsable opérationnel(le); un(e) responsable administratif(ve) et financier(e) qui fait l’objet de la fiche de poste actuelle à recruter par le CEA; un(e) responsable de la formation et un(e) chargé(e) de mission pour développer les collaborations et les partenariats des plateformes de FLI.
Objet du recrutement : Assister la chef de projet dans la gestion du projet FLI
Missions confiées
• Centraliser et vérifier :
- les relevés de dépenses tout en s’assurant que le budget est respecté
- les comptes de résultat
- les coûts complets
des différents partenaires du projet.
• Piloter le conventionnement (établissement d’avenants) avec les différents partenaires et contrôler les versements aux partenaires
• Suivi du budget de la part CEA du projet FLI
• Piloter les aides accordées pour les amorces de collaboration : lettre d’attribution, vérification de l’éligibilité des dépenses, recueil et vérification des justificatifs
Durée de la mission : 6 mois renouvelables
2018/03/07 – CDD gestion financière et administrative en soutien à la coordination de l’infrastructure France Life Imaging
FLI a mis en place un comité de pilotage et une cellule nationale pour la coordination opérationnelle. L’organisation générale de la cellule nationale FLI est la suivante : un responsable scientifique et technique, un(e) responsable opérationnel(le); un(e) responsable administratif(ve) et financier(e) qui fait l’objet de la fiche de poste actuelle à recruter par le CEA; un(e) responsable de la formation et un(e) chargé(e) de mission pour développer les collaborations et les partenariats des plateformes de FLI.
Objet du recrutement : Assister la chef de projet dans la gestion du projet FLI
Missions confiées
• Centraliser et vérifier :
- les relevés de dépenses tout en s’assurant que le budget est respecté
- les comptes de résultat
- les coûts complets
des différents partenaires du projet.
• Piloter le conventionnement (établissement d’avenants) avec les différents partenaires et contrôler les versements aux partenaires
• Suivi du budget de la part CEA du projet FLI
• Piloter les aides accordées pour les amorces de collaboration : lettre d’attribution, vérification de l’éligibilité des dépenses, recueil et vérification des justificatifs
Durée de la mission : 6 mois renouvelables
2018/03/06 – Post-doctorat en Neuroimagerie et Connectomique (CDD 2 ans)
Le Ginesislab recherche un(e) post-doctorant(e) pour réaliser des recherches sur la construction du connectome du cerveau humain en utilisant les données d’imagerie par résonance magnétique (IRM) structurelle et fonctionnelle. Étudier le connectome du cerveau humain requiert à la fois de s’intéresser à la connectivité anatomique et à la connectivité fonctionnelle. Cette dernière et les différentes fonctions cognitives associées sont nécessairement contraintes par la connectivité anatomique sous-jacente, bien que les relations précises entre ces deux formes de connectivités soient encore loin d’être claires. L’objectif de ce stage est ainsi de combler le fossé entre structure et fonction et comprendre comment le vaste répertoire des états fonctionnels du cerveau humain peut émerger de sa structure anatomique. Cette étude portera sur les données structurelles et fonctionnelles de deux larges cohortes de sujets (BIL&GIN n=450 et i-Share n=1850) et se fera sous la direction de deux chercheurs du Groupe d’Imagerie Neurofonctionnelle (GIN-IMN, UMR5293) experts respectivement en imagerie fonctionnelle du repos (M. Joliot) et en imagerie de diffusion et tractographie (L. Petit). Elle bénéficiera également de la collaboration avec le Sherbrooke Connectivity Imaging Lab (SCIL, M. Descoteaux) expert dans le développement de méthodes d’analyse des données de diffusion. Un support méthodologique informatique sera
fourni par l’entreprise Fealinx spécialisée en gestion de données, avec une possibilité d’embauche dans cette entreprise au terme de ce stage postdoctoral dans le cadre du développement de sa filiale spécialisée en imagerie médicale. La seconde phase de ce stage postdoctoral concernera les méthodes de prédiction de l’organisation anatomo-fonctionnelle du cerveau d’un individu en utilisant des méthodes de classification du type « support vector machine », forêts aléatoires ou d’apprentissage profond en utilisant les phénotypes identifiés lors de la première phase.
Prise de fonction: dés que possible
Durée: 2 ans (contrat annualisé)
Pour être éligible, le dossier de candidature devra comporter :
• Un CV complet intégrant l’expérience du candidat ainsi que ses formations académiques ;
• Des lettres de recommandation de personnes pouvant apporter leur soutien au candidat ;
• Une lettre de motivation pour le poste, détaillée et personnalisée ;
• Les publications du candidat (format PDF).
Les candidatures seront évaluées par analyse du dossier et un entretien par les co-directeurs du Ginesislab.
2018/03/06 – Post-doctorat en Neuroimagerie et Connectomique (CDD 2 ans)
Le Ginesislab recherche un(e) post-doctorant(e) pour réaliser des recherches sur la construction du connectome du cerveau humain en utilisant les données d’imagerie par résonance magnétique (IRM) structurelle et fonctionnelle. Étudier le connectome du cerveau humain requiert à la fois de s’intéresser à la connectivité anatomique et à la connectivité fonctionnelle. Cette dernière et les différentes fonctions cognitives associées sont nécessairement contraintes par la connectivité anatomique sous-jacente, bien que les relations précises entre ces deux formes de connectivités soient encore loin d’être claires. L’objectif de ce stage est ainsi de combler le fossé entre structure et fonction et comprendre comment le vaste répertoire des états fonctionnels du cerveau humain peut émerger de sa structure anatomique. Cette étude portera sur les données structurelles et fonctionnelles de deux larges cohortes de sujets (BIL&GIN n=450 et i-Share n=1850) et se fera sous la direction de deux chercheurs du Groupe d’Imagerie Neurofonctionnelle (GIN-IMN, UMR5293) experts respectivement en imagerie fonctionnelle du repos (M. Joliot) et en imagerie de diffusion et tractographie (L. Petit). Elle bénéficiera également de la collaboration avec le Sherbrooke Connectivity Imaging Lab (SCIL, M. Descoteaux) expert dans le développement de méthodes d’analyse des données de diffusion. Un support méthodologique informatique sera
fourni par l’entreprise Fealinx spécialisée en gestion de données, avec une possibilité d’embauche dans cette entreprise au terme de ce stage postdoctoral dans le cadre du développement de sa filiale spécialisée en imagerie médicale. La seconde phase de ce stage postdoctoral concernera les méthodes de prédiction de l’organisation anatomo-fonctionnelle du cerveau d’un individu en utilisant des méthodes de classification du type « support vector machine », forêts aléatoires ou d’apprentissage profond en utilisant les phénotypes identifiés lors de la première phase.
Prise de fonction: dés que possible
Durée: 2 ans (contrat annualisé)
Pour être éligible, le dossier de candidature devra comporter :
• Un CV complet intégrant l’expérience du candidat ainsi que ses formations académiques ;
• Des lettres de recommandation de personnes pouvant apporter leur soutien au candidat ;
• Une lettre de motivation pour le poste, détaillée et personnalisée ;
• Les publications du candidat (format PDF).
Les candidatures seront évaluées par analyse du dossier et un entretien par les co-directeurs du Ginesislab.
2018/03/05 – PhD student in multimodal metabolic and functional imaging, Paris
The imaging lab of the Paris Cardiovascular Research Center is looking for a PhD candidate to develop cardiac applications of the new preclinical imaging device PETRUS combining Positron Emission Tomography and Ultrafast ultrasound: Provost et al. Nature Biomed. Eng. 2018;2(2):85-94.
Title of the PhD project: Multimodal metabolic and functional imaging of the ischemic heart using PET registered ultrafast sonography
Objective (s) of the project: Establish the correlation linking cardiac perfusion and function with metabolic flux of the normal and ischemic myocardium.
State of the art & rationale:
Determining whether a “stunned” or “hibernating” myocardium is viable, i.e., can benefit from a revascularization procedure, is a complex problem involving the mechanical, vascular, perfusion, and metabolism properties of the cardiac tissue.
Positron emission tomography (PET) and Ultrafast Ultrasound Imaging (UUI) are, respectively, the most sensitive and the most specific viability imaging modalities when predicting functional recovery.
Viability imaging is at a crossroads: while viability imaging can predict functional recovery, the STITCH study demonstrated that it fails when attempting to predict the long-term outcomes of revascularization procedures.
These shortcomings could be potentially due in part to limitations of existing imaging technologies: the limited resolution of nuclear imaging techniques and the lack of quantification in echocardiography.
Novel imaging modes applied to cardiology bring new quantitative biomarkers to the table, namely, the imaging of intramyocardial vessels and of local myocardial stiffness.
Methods and tools:
Our world-first prototype of UUI combined with PET allows for simultaneous molecular, anatomical, and quantitative functional imaging of tissues and paves the way to novel synergistic imaging modes.
Main tasks:
1. To improve the accuracy of full coregistration of PET and UUI image volumes in 4D using the tools developed in the lab.
2. To extend UUI to perfusion imaging of the myocardium using contrast agents.
3. To apply PET-UUI to perfusion+stiffness+metabolic imaging of the heart in permanent and temporary (ischemia-reperfusion) models in rodents.
4. To progress towards the definition of new biomarkers of myocardial viability
Anticipated outcomes and potentials: to obtain and validate a new biomarker linking cardiac metabolism, output and perfusion.
Role of the doctoral student: to realize and analyse imaging experiments in the animal model.
References:
1.Provost J, Garofalakis A, Sourdon J, Bouda D, Berthon B, Viel T, Perez-Liva M, Lussey-Lepoutre C, Favier J, Correia M, Pernot M, Chiche J, Pouysségur J, Tanter M, Tavitian B. Simultaneous Positron Emission Tomography and Ultrafast Ultrasound for Hybrid Molecular, Anatomical, and Functional Imaging. Nature Biomed Eng., 2018;2(2):85-94.
2. Mabrouk R, Dubeau F, Bentabet L. A Bayesian framework for the extraction of input function for 18F-FDG metabolism study for both healthy and infarcted rats' hearts. J. Biomed. Graphics Comput., 2013, 3(4):9-19
3. Lanz B, Poitry-Yamate C, Gruetter R. Image-Derived Input Function from the Vena Cava for 18F-FDG PET Studies in Rats and Mice, J Nucl Med 2014; 55:1380–1388
4. Su HL, Qian YQ, Wei ZR, He JG, Li GQ, Zhang J, Zhou XD, Jing W. Real-time myocardial contrast echocardiography in rat: Infusion versus bolus administration, Ultrasound Med. Biol. 2009, 35(5):748–755, 2009