FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
Liste des annonces
2020/05/18 – CDD « Technicien Biologie / Biochimie / Biophysique pour l’imagerie préclinique »
Contexte
Le thème central de recherche du laboratoire est l’étude et la reconstruction des tissus orofaciaux. Nos travaux sont axés sur la compréhension des mécanismes liés à la formation et à la régénération de cette sphère en nous basant, d’une part sur l’étude des cellules qui la constituent, et de l’autre sur la matrice extracellulaire qu’elles produisent. Le laboratoire a aussi pour mission la formation en recherche des étudiants de la licence jusqu’au doctorat. Le laboratoire héberge la modalité micro-CT pour l'imagerie préclinique de la plateforme d’imagerie du vivant (PIV) de l’Université de Paris.
Issue du rapprochement des Universités Paris Descartes et Paris Diderot et intégrant l’Institut de physique du globe de Paris, l’Université de PARIS propose pour la première fois sur le territoire parisien, une offre de formation pluridisciplinaire des plus complètes et des plus ambitieuses en recherche, tout en ayant un fort rayonnement international.
Mission
L’agent devra assurer les missions suivantes :
· préparer les expérimentations en respectant le protocole préétabli ;
· Acquisitions et traitements des données micro-CT
· Surveiller statuts sanitaires ;
· Appliquer les réglementations du domaine d’étude ;
· Recueillir et mettre en forme les informations nécessaires à la bonne conduite de l’expérimentation ou requises par la législation ;
· Tenir un cahier de laboratoire ;
· Gérer les stocks et les commandes ;
· Assurer l’entretien et la maintenance de premier niveau du matériel et des équipements ;
2020/05/05 – Doctorat « Dosimetric improvements for selective internal radiation therapy of hepatic tumours and impact on patient response »
Liver cancer is the sixth most common cancer in the world but the second leading cause of cancer mortality in men. Among the different types of liver cancer, some can be treated by selective internal radiation therapy (SIRT), which consists in injecting Yttrium-90 (90Y) β-emitter microspheres into the liver. This project aims at improving SIRT treatments by bringing state-of-the-art dosimetric techniques to SIRT that will be validated through Monte-Carlo simulations, and developing deep learning methods to predict treatment response from previous dosimetric models.
The 90Y microspheres injection treatment has multiple steps. An acquisition of magnetic resonance imaging (MRI) is performed, followed by a simulation of the treatment via a technetium-99m macroaggregated albumin (Tc99m-MAA) single-photon emission computed tomography (SPECT)/CT scan. This SPECT/CT scan leads to compute a pre-treatment dosimetry and allows to determine the amount of 90Y microspheres needed for the treatment. Right after the injection of 90Y microspheres, a positron emission tomography (PET)/CT scan is acquired to compute a 90Y-treatment dosimetry. This dosimetry should be as accurate as possible to document the actual dose delivered to the targets in SIRT. Besides, there is increasing evidence of a dose-effect relationship in the case of SIRT. However, dosimetric results are known to be very sensitive to technical factors (acquisition, reconstruction, segmentation, dosimetric models) and, in the absence of standardised techniques, a bunch of dosimetric thresholds has been reported in the literature. Until recently, most of the dosimetry models have been carried out using empiric formulae or simplified dosimetric models.
OBJECTIVES
The first aim of this work is to validate a more accurate dosimetric model for both the Tc99m-MAA-pre-treatment and the 90Y-post-treatment by using a Monte-Carlo approach with the GATE toolkit. This validation implies simulations of physical phantoms representative of the liver uptake in SIRT and comparisons with state-of-the-art techniques such as the voxelized dosimetry used in clinical routine.
Based on the data collected since 2012, the second aim of this work is to develop a supervised deep learning classification approach to predict the treatment response using either the Tc99-MAA-pretreatment dosimetry or the 90Y-treatment dosimetry or both and assess correlations from our validated dosimetric calculations.
2020/02/27 – CDI Ingénieur plateforme big data pour la neuroimagerie
La mise en place au CEA d’une plateforme pour la médecine du futur va nécessiter, non seulement, le développement d’une infrastructure importante au Très Grand Centre de Calcul du CEA (TGCC) pour héberger du stockage et des moyens de calcul, mais également la création d’un portail métier développé à Neurospin pour les besoins propres à l’univers de la neuroimagerie. Ce portail sera principalement composé de services et d’outils logiciels qui serviront d’interface entre les chercheurs du CEA et d’ailleurs et l’infrastructure du TGCC. Il permettra de fluidifier l’analyse des très grandes bases de données comme UK Biobank (100 000 sujets), ou des agrégations complexes de bases de données issues de la plateforme CATI (https://cati-neuroimaging.com/).
Ce poste a pour but de permettre la mise en place, la maintenance et l’évolution de cette plateforme métier afin de répondre aux défis suivants :
- Amener la communauté du big data vers la neuroimagerie, en mettant à disposition de
grands gisements de données annotées et les moyens de calcul adéquats.
- Harmonisation des données et des méta-données. La réutilisation des données et des logiciels par différents chercheurs étant un aspect important de la plateforme, il est indispensable de fournir les outils permettant d’assurer une cohérence entre les organisations des données et des métadonnées des différentes études.
- Gestion des droits. Les bases de données collectées par le CATI n’appartiennent pas au CEA.
Un des objectifs de la plateforme est de créer un cloud mis à disposition des utilisateurs de
chaque base avec des droits sous la responsabilité de chaque promoteur. Ce service nécessite des développements conséquents.
- Développement logiciel et sécurité. Les logiciels de recherche sont en constante évolution. La plateforme métier devra apporter le meilleur compromis entre, d’une part, les chercheurs qui souhaitent pouvoir modifier très librement le cœur des logiciels et, d’autre part, l’utilisation des logiciels dans une plateforme exigeant un haut niveau de sécurité.
2019/12/20 – MRI Application Scientist at Bruker
You will be integrated into our international application team, which will bring you in contact with the leading experts in the field and will require close co-operation with colleagues in the integration, soft- and hardware departments.
The tasks include:
- Demonstration of our preclinical imaging systems, in particular MRI
- Creating protocols, workflows and optimizing application sequences
- Customer training worldwide (with a focus on Europe)
- Customer teaching (in-house, webinars) Sales and after sales support (e.g. customer hotline, customer visits)
- Support of system integration and component specification
- Creation of user documentation and training material Marketing support (marketing materials, lectures, and data preparation) Assist in trade shows and conferences worldwide - -- Working with small rodents
2019/12/11- Ingénieur-e biologiste en plateforme scientifique au CRMBM (mobilité interne au CNRS)
Un poste d'ingénieur(e) biologiste en plateforme scientifique est à pourvoir au CRMBM.
L'activité sera effectuée sur la plateforme d'imagerie du petit animal du CRMBM, localisée à la Faculté de Médecine Timone, en interface avec les trois équipes cerveau, coeur et muscle et les fonctions supports ainsi qu'en interaction avec les collaborateurs de ces équipes et utilisateurs extérieurs (académiques, industriels). La plateforme d'imagerie du petit animal dispose de trois spectromètres imageurs IRM multinoyaux à 4,7T, 7T et 11,75T.
L'ingénieur(e) sera sous la responsabilité de Mme Angèle Viola, directrice de recherche au CNRS et responsable de l'activité cerveau petit animal, en interaction avec les responsables des équipes cœur et muscle du laboratoire ainsi qu'avec l'équipe support. Une contribution aux actions collectives du laboratoire (démarche qualité, tâches associées à l'expérimentation animale, maintenance des aimants est attendue).
Missions :
L'ingénieur-e devra concevoir, développer et conduire de protocoles d'imagerie et de spectroscopie par résonance magnétique (IRM/SRM) pour l'exploration de modèles animaux (rats et souris) de pathologies humaines affectant le système nerveux central, le muscle et le cœur.
Activités :
-Concevoir des protocoles d'acquisitions IRM/SRM multiparamétriques sur rongeurs pour répondre aux objectifs des projets de recherche des chercheurs du laboratoire ou des équipes partenaires
- Conduire ces acquisitions IRM/SRM in vivo de modèles animaux (rongeurs) de pathologies humaines (systèmes nerveux central, cardiovasculaire et musculaire) en relation avec les projets des utilisateurs ou partenaires
- Evaluer les paramètres physiologiques et cliniques des animaux
- Mettre en place les outils de traitement des données d'imagerie et spectroscopie et prendre en charge ce traitement
- Participer à l'analyse des données, au choix des méthodes et à leur mise en œuvre
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les techniques disponibles et l'interprétation des données
- Assurer la veille scientifique et technologique en imagerie et spectroscopie du petit animal
- Mettre en œuvre les principes de la démarche qualité mise en place au laboratoire
- Animer des actions de formation Appliquer et faire appliquer la règlementation en matière d'éthique animale
- Participer aux tâches communes liées à l'infrastructure animalerie et à la maintenance des aimants
https://mobiliteinterne.cnrs.fr/afip/owa/consult.affiche_fonc?code_fonc=E56009&type_fonction=FS EP&code_dr=12&code_bap=&code_corps=IR&nbjours=&page=1&colonne_triee=1&type_tri=ASC
2019/10/18 – Research Engineer Position (2 years)
In the frame of the MULTIMOD program supported by the Regional Council and the European Union, ICMUB is seeking a highly motivated candidate with strong chemistry and bioconjugation background to design, prepare and characterize protein or peptide-based conjugates for imaging/therapy purposes. The selected candidate will have the opportunity to closely interact with the local imaging cluster and the preclinical imaging platform members. He/she will contribute to the team’s mission of delivering in time, fully defined conjugates to our academic/industrial partners.
The successful candidate will have the following responsibilities:
- Involvement in various R&D and public/private programs
- Synthesis of bioconjugates, by modification of home-made proteins/peptides or coming from our partners
- Development and implementation of robust analytical methods to fully characterize antibody-based conjugates
- Synthesis of specific molecular probes, in collaboration with researchers involved in technology transfer programs
- Preparation of technical documents, summary reports and regular updates on project status
- Participation to valorization actions.
Starting date: Asap
2019/10/09 – Thèse en développement de séquences IRM paramétriques à 3T
Au sein du laboratoire, l’équipe IRM 4D a l’expertise du développement de séquences IRM haute-résolution, à encodage non-cartésien. De plus, notre singularité provient du développement de séquences paramétriques, permettant ainsi la mesure de temps de relaxation.
L’un des objectifs de l’équipe IRM4D est de développer des séquences IRM chez l’homme pour aider au diagnostic, pronostic et suivi des patients. La quantification de paramètres physiques est particulièrement utile pour comparer des patients ou pour évaluer objectivement l’évolution d’une maladie.
Cependant, de nombreux verrous sont à prévoir comme les mouvements respiratoires et/ou la durée des acquisitions, qui doit être drastiquement réduite.
Par exemple, notre équipe a récemment implanté une séquence paramétrique à 3T, combinée à une accélération par Compressed Sensing pour la Neuro-imagerie.
Le doctorant aura pour objectif de poursuivre le développement de cette séquence et de la combiner avec différents modules ou acquisitions afin de surmonter les verrous rencontrés. Il sera en charge du développement des séquences, jusqu’à l’imagerie de volontaires sains.
2019/01/15 – Stage ingénieur / Master2 : Développement de séquences d’IRM de diffusion pour sonder la cytoarchitecture du cortex cérébral
L’équipe Microstructure de l’unité d’IRM et de Spectroscopie (UNIRS) de Neurospin a pour mission de proposer de nouvelles méthodes de cartographie de la cytoarchitecture (ie organisation cellulaire) du cortex cérébral in vivo, fondées sur l’IRM du processus de diffusion de l’eau qui permet de réaliser de véritables « biopsies » non invasives du tissu cérébral.
Les séquences d’IRM pondérées en diffusion, équipant actuellement le plateau technique des IRM de NeuroSpin, ne disposent pas de certaines fonctionnalités permettant d’exploiter de manière approfondie l’ensemble des approches mises au point par les chercheurs de l’équipe.
Citons par exemple :
- la modularité du schéma d’encodage du processus de diffusion limité au module Pulsed Gradient Spin Echo alors qu’il conviendrait de disposer de modules permettant d’implémenter les approches de type OGSE, T-OGSE, Arbitrary Gradient SE ou encore Steady State Free Precession versus Spin Echo,
- la modularité du schéma de lecture du signal : echoplanaire 2D ou 3D, avec ou sans option multishot, présence ou non d’imagerie parallèle et/ou multibande, utilisation d’approches tirant partie de la parcimonie du signal ou non, - la modularité des préparations du signal : inversion récupération, saturation efficace ou sélection de champ de vue, suppression du signal de graisse.
- la prise en compte du niveau de bruit acoustique afin de le réduire au maximum, et ce d’une part pour améliorer le confort du sujet, mais aussi pour faciliter l’imagerie pédiatrique,
- la capacité de reconstruction en ligne des cartographies de la microstructure issue des approches d’apprentissage profond proposées par l’équipe Microstructure.
Ce stage vise donc au développement d’une séquence d’imagerie de diffusion propriétaire intégrant l’ensemble des fonctionnalités citées précédemment, et de démontrer l’apport de la séquence ainsi développée dans le cadre d’une application chez le sujet sain visant à l’établissement d’une cartographie de la cytoarchitecture du cortex cérébral et de la microstructure de la substance blanche.
Au cours du stage, le candidat :
- se formera à la manipulation et à la programmation des IRM cliniques du centre NeuroSpin,
- réalisera le développement d’une séquence d’IRM de diffusion propriétaire,
- validera le bon fonctionnement de la séquence sur fantômes d’imagerie,
- participera à la mise en place d’un protocole d’imagerie à 3T chez l’homme et à l’acquisition d’une cohorte de données d’IRM de diffusion visant à cartographier la cytoarchitecture,
- analysera les données acquises afin de mettre en place la méthodologie visant à établir un premier atlas de la cytoarchitecture de la substance blanche et du cortex cérébral.
Ce sujet s’inscrit naturellement dans une démarche qui permettra au candidat de poursuivre en thèse au sein de l’équipe s’il remplit les critères d’aptitude à la recherche.
2019/01/15 – Stage ingénieur / Master2 : Développement de séquences d’IRM de diffusion pour sonder la cytoarchitecture du cortex cérébral
L’équipe Microstructure de l’unité d’IRM et de Spectroscopie (UNIRS) de Neurospin a pour mission de proposer de nouvelles méthodes de cartographie de la cytoarchitecture (ie organisation cellulaire) du cortex cérébral in vivo, fondées sur l’IRM du processus de diffusion de l’eau qui permet de réaliser de véritables « biopsies » non invasives du tissu cérébral.
Les séquences d’IRM pondérées en diffusion, équipant actuellement le plateau technique des IRM de NeuroSpin, ne disposent pas de certaines fonctionnalités permettant d’exploiter de manière approfondie l’ensemble des approches mises au point par les chercheurs de l’équipe.
Citons par exemple :
- la modularité du schéma d’encodage du processus de diffusion limité au module Pulsed Gradient Spin Echo alors qu’il conviendrait de disposer de modules permettant d’implémenter les approches de type OGSE, T-OGSE, Arbitrary Gradient SE ou encore Steady State Free Precession versus Spin Echo,
- la modularité du schéma de lecture du signal : echoplanaire 2D ou 3D, avec ou sans option multishot, présence ou non d’imagerie parallèle et/ou multibande, utilisation d’approches tirant partie de la parcimonie du signal ou non, - la modularité des préparations du signal : inversion récupération, saturation efficace ou sélection de champ de vue, suppression du signal de graisse.
- la prise en compte du niveau de bruit acoustique afin de le réduire au maximum, et ce d’une part pour améliorer le confort du sujet, mais aussi pour faciliter l’imagerie pédiatrique,
- la capacité de reconstruction en ligne des cartographies de la microstructure issue des approches d’apprentissage profond proposées par l’équipe Microstructure.
Ce stage vise donc au développement d’une séquence d’imagerie de diffusion propriétaire intégrant l’ensemble des fonctionnalités citées précédemment, et de démontrer l’apport de la séquence ainsi développée dans le cadre d’une application chez le sujet sain visant à l’établissement d’une cartographie de la cytoarchitecture du cortex cérébral et de la microstructure de la substance blanche.
Au cours du stage, le candidat :
- se formera à la manipulation et à la programmation des IRM cliniques du centre NeuroSpin,
- réalisera le développement d’une séquence d’IRM de diffusion propriétaire,
- validera le bon fonctionnement de la séquence sur fantômes d’imagerie,
- participera à la mise en place d’un protocole d’imagerie à 3T chez l’homme et à l’acquisition d’une cohorte de données d’IRM de diffusion visant à cartographier la cytoarchitecture,
- analysera les données acquises afin de mettre en place la méthodologie visant à établir un premier atlas de la cytoarchitecture de la substance blanche et du cortex cérébral.
Ce sujet s’inscrit naturellement dans une démarche qui permettra au candidat de poursuivre en thèse au sein de l’équipe s’il remplit les critères d’aptitude à la recherche.
2019/01/11- Postdoctoral fellowship in neuro oncology image analysis
Glioblastoma multiforme (GBM) is a lethal disease because of a constant relapse. Among the salvage treatments, hypofractionnated stereotactic reirradiation (hFSRT) is one of the main options. Because irradiation induces a vaccine effect, a partner to this project (team of Elizabeth Moyal based in Toulouse) designed and developed a national PhaseI/II clinical trial randomizing hFSRT versus hFSRT associated with the anti-PDL1 Durvalumab. This trial includes a longitudinal follow-up of patients by multiparametric MR imaging.
The aim of this project is to find predictive imaging biomarkers able to i) discriminate between tumor progression and pseudoprogression and ii) to early detect local tumor relapse in the context of hSFRT and Durvalumab treatment combination. This project will imply to use the most advanced image analysis approaches to automatically extract imaging biomarkers from multiparametric MRI dataset. In the context of MRI and GBMs, the most promising image analyses techniques to quantify the evolution of the intratumor heterogeneity are the voxel-by- voxel, the cluster, the texture (Radiomics approaches) and the deep learning analyses.
Contract: Between 30 and 36 months (depending of experience), start April 1st 2019