Coordinateur :

Michel Dojat PhD, HDR

Chef de projet :

Michael Kain

Structure coordinatrice : Inria

Présentation

Le hub« Information Analysis and Management », IAM (https://portal.fli-iam.irisa.fr/home), a pour mission de construire une infrastructure (matérielle et logicielle) accessible aux utilisateurs des plates-formes nationales d’imagerie in vivo, afin de faciliter l’ouverture et la réutilisation des données d’imagerie, de stocker, gérer et traiter de grands ensembles de données d’imagerie clinique et préclinique et de métadonnées associées.

Le hub rassemble les experts du traitement d’images médicales des laboratoires français des nœuds et hors nœuds, sous la tutelle de l’INRIA (Rennes), du CNRS (ICUBE, I3S, Creatis, CRMBM) du CEA (MIRCen) et de l’INSERM (Brest, Nancy, Grenoble). La coordination scientifique du nœud a été confiée à l’INRIA. Initialement coordonné par un tandem formé de Christian BARILLOT et de Michel DOJAT assisté de Michael KAIN, le hub IAM est coordonné par Michel DOJAT avec le soutien de Michael KAIN depuis la disparition de Christian BARILLOT en Juin 2020. Nous sommes reconnaissant envers notre collègue Christian du travail accompli, toutes ces années, de ses qualités de rassembleur et de sa vision.

La mise en œuvre du projet a suivi deux étapes. La première, de 2013 à 2018, était consacrée à la création d’une solution fédérée d’analyse d’images et de gestion de données assurant l’interopérabilité des solutions existantes hétérogènes et distribuées mettant en œuvre l’indexation brute et par méta-données (par exemple, au moyen de modèles sémantiques ou d’ontologies) de l’information. Quatre solutions nationales de gestion préexistantes à IAM ont été retenues : CATI (CEA, Paris-Sud), SHANOIR (INRIA, Rennes), MediBase (CNRS, Strasbourg) et Archimed (INSERM, Nancy). Trois solutions nationales existantes de traitement d’images et de gestion du flux de travail ont été initialement sélectionnées: VIP (CNRS, Lyon), MedInria (INRIA, Rennes) et BrainVisa (CEA, Paris-Saclay).

Le nœud IAM a mis en place un comité de pilotage pour définir les priorités d’action et les orientations du nœud. Un responsable technique (M. Kain) a supervisé les développements assurés par une équipe comprenant jusqu’à 15 ingénieurs logiciel répartis dans six centres différents. Afin de répondre de la manière la plus exhaustive possible, trois groupes de travail ont été mis en place :

• Le premier traitait les problèmes d’interopérabilité, en particulier l’interopérabilité entre les solutions de référentiel de données.
• Le second traitait les problèmes de traitement d’images afin de fournir des solutions polyvalentes pour l’informatique parallèle ou massive.
• Le dernier travaillait sur le transfert de l’environnement et de l’expertise existant dans le domaine de l’imagerie clinique vers le secteur émergent de l’imagerie préclinique.

Depuis novembre 2020, l’industrialisation et l’exploitation de la plate-forme logicielle est confiée à un groupement momentané d’entreprises, sélectionné à l’issue d’un appel d’offre. Le contractant offre des services basés sur la plate-forme de gestion et de traitement de données développée par IAM et le déploiement de chaines de traitement sur des systèmes de calcul haute performance pour traiter des bases de données volumineuses.

Les équipes :

INSERM U650 LaTIM, Neuroimagerie Fonctionnelle et de Perfusion (GIN Equipe Barbier, U1260 INSERM UGA), CREATIS, Empenn (U746), IADI U947), CIC CIT IT801, LSIIT/ICUBE, ICM, MIRCen, CRMBM.