FLI
In this section, you will find internships, thesis, post-doctorates, fixed-term and permanent contract vacancies in the network’s partner laboratories.
Liste des annonces
Chef-fe de projet imagerie-OFSEP
MISSIONS DU/DE LA CHEF-FE DE PROJET
(1) Mettre en place le transfert des IRM au sein des centres participants :
- Participer à l’installation du logiciel ShanoirUploader en lien avec les services informatiques des centres
- Rédiger les guides utilisateurs et former les utilisateurs à l’utilisation du logiciel
- Administrer la plateforme de stockage Shanoir
(2) Assurer le contrôle qualité des images collectées : identification des images, respect des paramètres d’acquisition, etc.
(3) Participer à la conception et à l’amélioration des outils de l’OFSEP (logiciels de transfert et de stockagedes IRM développés par l’équipe Empenn (Inria) de Rennes : ShanoirUploader et Shanoir ;Plateforme OFSEP : (viewer et post-traitement):
- Recueillir et évaluer les besoins des utilisateurs (fonctionnalité, corrections…)
- Rédiger les cahiers des charges des besoins identifiés
- Participer aux tests des versions livrées
- Effectuer la recette des évolutions et corrections
(4) Participer au pilotage du groupe de travail imagerie :
- Organiser les réunions de suivi
- Suivre les actions et décisions et veiller à tenir les délais
- Assurer le lien entre le groupe imagerie et le CCN et rendre compte aux instances de gouvernance de l’OFSEP
(5) Participer à la démarche qualité de l’OFSEP
POSITIONNEMENT DU POSTE
Le/La chef-fe de projet imagerie est membre du CCN. Il/elle travaille sous la responsabilité directe du Responsable Cohorte et en collaboration avec le reste de l’équipe du CCN (chefs de projets, data-manager…), l’équipe Inria membre du groupe de travail et le Responsable du groupe de travail imagerie de l’OFSEP (Pr François Cotton).
Post-doctoral position on Multimodal Machine Learning for PET/CT and PET/MRI Image Reconstruction
Contexte et mission :
Positron Emission Tomography (PET) is a medical imaging modality that measures in vivo biochemical processes that play a key role in the onset and progression of a disease. Main applications of PET are oncology, neurology and cardiology. PET is a functional modality and is always associated with a complementary anatomical modality such as X-ray Computed Tomography (CT) and Magnetic Resonance Imaging (MRI). PET images are obtained by tomographic reconstruction, which is the task of estimating an image from measurement data collected by the acquisition system. PET reconstruction is an ill-posed inverse problem and poor Signal-to-Noise Ratio (SNR) in the collected data translates into degraded image quality. While shorter acquisitions and low-dose are preferable due to time constraints and patient exposure to radiations, they result in lower SNR. The challenge of image reconstruction is therefore to reconstruct an image from a short/low-dose acquisition with acceptable noise.
Recent machine learning techniques for PET reconstruction have pushed towards less noise [1]. They offer the possibility to reduce the patient dose and the acquisition time without degrading the image quality. These techniques are in their infancy and their utilization mostly limited to single modality images. Multimodal machine learning (MML) aims at buildings models that can process and relate information from multiple modalities.
In the MultiRecon project we develop new machine learning reconstruction techniques for PET/CT and PET/MRI multimodal imaging systems. The hypothesis is that combining the raw data from different modalities with machine learning and deep learning based models can further reduce the noise and improve the image quality. More specifically, the candidate will:
• Contribute to the development of new optimization algorithms for multimodal machine learning image reconstruction;
• Integrate these optimization algorithms in the open-source CASToR reconstruction platform [2];
• Apply and evaluate these techniques to PET/CT and PET/MRI data acquired by the project partners.
Post-doctorat Agent d’imagerie TEP /TEMP
We are looking for a highly motivated candidate for a 12-months, full-time postdoctoral position. A solid background in the field of neurobiology and cerebral imaging is expected. Knowledge in the field of nuclear imaging will be appreciated. This project will include in vitro as well in vivo experimentation.
The "Radiopharmaceutiques Biocliniques" laboratory is a research unit of the French National Health Institute (INSERM UMRS_1039). The objectives of this unit are to develop new radiopharmaceuticals for resolving commonly encountered clinical problems in the setting of diagnostic, prognostic or therapeutic strategies. The different research fields of the laboratory are cardiology, metabolism, oncology and neurodegenerative pathologies (https://lrb.univ-grenoble-alpes.fr).
Screening of applications will begin on September 2022 the 1st and position will remain open until filled. Please email your detailed CV including publication list with copies of the most relevant ones, and the names/contact information of two individuals/supervisors who can provide a detailed account of your accomplishments and abilities.
Team : Neurodegenerative Diseases
AAPG ANR 2020 - PRC 30 mois CE17 - Recherche translationnelle en santé. LINOTTE Ligand pour l'Imagerie Nucléaire des Oligomères de la protéine Tau Ligands for Nuclear Imaging of Tau protein Oligomers
CDD Ingénieur de recherche en neuroimagerie
La plateforme CATI (Centre pour l’Acquisition et le Traitement des Images), dédiée à l’harmonisation et à l’analyse des données de neuroimagerie dans le cadre de projets multicentriques de recherche clinique, a été créée début 2011 dans le cadre du plan Alzheimer. Le démarrage de cette plateforme s’est appuyé sur une grande variété d’expertises provenant de plusieurs équipes de recherche, à Neurospin (CEA, INRIA), à l’Institut du Cerveau (ICM - CNRS, SU, ICM, INRIA) et au Laboratoire d’Imagerie Biomédicale (LIB - SU, Inserm, CNRS). Elle s’appuie aujourd’hui sur un réseau national d’une soixantaine de services d’imagerie (IRM, TEP et TEMP) auquel s’ajoutent une dizaine de centres à l’étranger. Une trentaine de projets de recherche font aujourd’hui appel à ses services, qui s’étendent du design et l’implémentation de protocoles d’acquisition jusqu’à la mise à disposition des données acquises et des résultats d’analyses sur un serveur web sécurisé. Les acquisitions réalisées dans le cadre des projets de recherche sont collectées grâce à une solution sécurisée pour être analysées de manière centralisée à l’ICM, Neurospin et au LIB. Ces analyses sont effectuées avec un niveau de qualité élevé grâce à une organisation systématisée de leur production à partir de logiciels de référence, dont certains ont initialement été conçus au sein des équipes de recherche à l’origine du CATI.
Un poste de chef de projet en CDD est à pourvoir à Paris à l’ICM au sein de l’équipe CATI. Le/la candidat/e sera chargé/e des missions suivantes :
Activités en gestion de projet “production” :
● Coordonner la planification des traitements d’image selon les contraintes des études.
● Coordonner l’intégration des données collectées et des résultats des analyses dans le flux interne CATI en assurant leur cohérence.
● Coordonner la réalisation des missions du CATI pour certaines études (suivi des traitements, communication, cohérence des données, mise à disposition…).
● Participer à la rédaction et/ou maintenance des procédures liées à la production (analyses et leur contrôle qualité, flux interne et mise à disposition).
● Participer à l’identification de nouveaux besoins selon les demandes utilisateurs et aux discussions avec les utilisateurs lors de la définition des besoins.
Activités en production :
● Participer au contrôle qualité des données de neuroimagerie (IRM et/ou TEP/TEMP) collectées dans la plateforme logicielle dédiée.
● Prendre en charge la réalisation des traitements et leur contrôle qualité dans l’environnement logiciel unifié.
Activités en R&D :
● Assurer le fonctionnement et la validité des chaînes de traitements et participer à leur amélioration éventuelle ; coordonner le passage en production de ces améliorations.
● Participer au développement de nouvelles approches de contrôle qualité (données ou résultats) dans l’environnement CATI et à leur validation.
● Participer à la veille bibliographique sur les méthodes d’analyses implémentées ou à ajouter à l’offre CATI, et éventuellement participer à leur implémentation dans l’environnement unifié du CATI.
● Mener des missions d’analyse et de suivi global de la qualité des données et des résultats de certaines chaînes de traitements.
Aspects pratiques
● Des déplacements réguliers à Neurospin (91) sont à envisager.
● Un jour de télétravail hebdomadaire peut être envisagé.
● CDD de 12 mois, renouvelable, salaire selon expérience.
CDD – INGENIEUR CHIMIE ORGANIQUE – RADIOCHIMIE CEA BIOMAPS
Radiomarquages d’anticorps au zirconium-89 pour l’imagerie TEP des réservoirs du VIH.
L’amélioration perpétuelle des thérapies antirétrovirales combinatoires fait aujourd’hui de la rémission
du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) une réalité proche. Afin de pouvoir développer les
thérapies du futur, la compréhension des interactions virus/hôte/médicaments et la détermination de la
biodistribution des foyers viraux résistants restent des défis à relever. Dans ce contexte, la tomographie
par émission de positons (TEP) est une technique d’imagerie moléculaire qui permet, grâce à l’utilisation
d’une molécule radioactive appelée radiotraceur, de visualiser des phénomènes biologiques de manière
extrêmement sensible. Les anticorps et leurs fragments (Fab) sont des macromolécules hautement
spécifiques de leur cible et sont donc des vecteurs de choix pour l’imagerie TEP de biomarqueurs du
VIH. Compte-tenu de leur demi-vie biologique longue (plusieurs jours), le zirconium-89 (t1/2 = 78h) est
l’émetteur de positions le plus adapté pour radiomarquer ces anticorps. L’imagerie TEP utilisant des
anticorps (ou Fab) radiomarqués au zirconium-89 permettra alors de détecter les foyers viraux résiduels
post-traitement afin d’accompagner le développement de nouvelles thérapies. Ces nouveaux
radiotraceurs seront dans un premier temps testés en imagerie préclinique avant un transfert à l’Humain.
Les objectifs de ce poste d’ingénieur en CDD sont donc :
de réaliser la fonctionnalisation d’anticorps (ou Fab) avec des complexants du zirconium
de réaliser le radiomarquage de ces anticorps fonctionnalisés avec du 89Zr ainsi que leur contrôle
qualité
de participer à la mise en place de l’imagerie TEP préclinique avec les outils développés
Profil du candidat :
Ingénieur (ou Master 2) en chimie organique,
Une spécialisation en biochimie et des compétences en bioconjuguaison seraient appréciées
Une appétence pour les projets translationnels et une capacité à travailler en autonomie dans un
environnement hautement collaboratif seront demandées
Recrutement prévu pour Janvier 2023. Contrat de 12 mois.
Post-Doc position (organic chemistry and photophysics) – ICMUB – Dijon
The candidate will be recruited by the Université de Bourgogne and his/her research will be conducted within the context of an European project named "CoDaFlight" and led by a cross-disciplinary consortium (electronic and biomedical-engineers, physicists, chemists, medical scientists, and clinicians). The primary goal of this project is to develop a cutting-edge approach for multi-domain fluorescence imaging based on lifetime measurements , to address challenges in medical diagnosis.
Specifically, the aim of the post-doc work is to design, synthesize and perform structural optimization of emerging/promising classes of NIR-emissive organic-based fluorophores, especially derived from those developed in our group (Bodipys or aza-Bodipys , diketopyrrolopyrroles (DPPs) ), that will be used as lifetime-tunable fluorescent contrast agents. Ability of these novel fluorescent markers to act as effective biolabeling reagents and/or valuable scaffolds for the construction of bioanalyte-responsive fluorogenic probes, will also be explored.
Candidate profile :
Ph.D. in organic chemistry with a good theoretical and practical knowledge in photophysics, truly interested in organic synthesis and analytical chemistry, in particular the chromatographic techniques (semi-preparative HPLC, HPLC-MS, ...) and advanced spectroscopic techniques (steady-state and time-resolved fluorescence, ...). Rigor and care in the experimental work (small scale syntheses, handling of high added-value compounds, ...), proactive attitude towards problem solving and scientific watch, acute sense of ethics and organization, and good drafting/communication skills are required. A first meaningful research experience in chemistry and photophysics of fluorophores and/or "smart" fluorescent probes, may be a valuable asset but not mandatory.
Application documents : detailed CV (+ 2-3 references), a brief summary of research works and a detailed covering letter.
Please visit website of the analytical platform PACSMUB :
http://wpcm.fr/index.php?page=presentation-generale
Doctorat en IRM quantitative-LTSI-Rennes
SCIENTIFIC ENVIRONMENT :
LTSI research lies at the interface of topics in the fields of information technology and health. Our researchers aim
at developing methodological, technological and clinical tools to improve interpretation of medical imaging results
or of clinical data in general and to provide decision support. The 'signal-model-image' core concept is the heart of
the LTSI investigations spreading over five teams inside the laboratory. This PhD project will be part of the CINETYKS
team.
The CINETYKS’ research project focuses on the dynamics of large-scale pathological brain networks, in two
neurological disorders: epilepsies and Parkinson’s disease. In both cases, our research aims at improving diagnosis
and therapy, and increasing pathophysiological knowledge. The proposed PhD will be mainly oriented towards
methodological aspects in the context of research on Parkinson's disease.
PhD TITLE :
Development of quantitative CEST and QSM MRI methods at 3 T in the context of Parkinson's disease.
PhD CONTEXT :
The therapeutic management of neurodegenerative diseases is a major public health issue. In recent years,
Parkinson's disease (PD) cases increased a lot, largely related to the aging of the population[1,2]. PD alters regions of
the cortex and basal ganglia, and is characterized not only by a set of motor symptoms, but also by many sensory,
emotional and/or cognitive symptoms. First impairments can begin up to twenty years before motor abnormalities
become detectable[3,4]. During this prodromal phase, several pathophysiological mechanisms are observed:
1/Abnormally high iron levels in the Substantia Nigra (SN) leading to the alteration of dopaminergic neurons[5].
Iron has an essential neurophysiological role but its abnormal accumulation can cause a cascade of oxidative
reactions and neurotoxicity leading to apoptosis of neurons; 2/Accumulation of α-synuclein proteins in neurons
leading to progressive cell death that first affects dopaminergic circuits and then gradually spreads to connected
areas of the cortex, inducing subtle changes in the brain connectivity[6] and leading to a set of patient-specific
motor and/or non-motor symptoms. Some patients will then progress to cognitive decline, which is a contraindication
to deep brain stimulation (DBS) while this surgery remains very effective for properly selected patients.
The search for quantitative and predictive neuromarkers from neuroimaging could improve the early diagnosis
and stratification of patients based on the severity of cognitive decline and thus the identification of "good" and
"bad" candidates for DBS.
PhD OBJECTIVES :
QSM MRI (Quantitative Susceptibility Mapping) quantitatively characterizes the accumulation of iron in tissues[7].
Several studies have shown a significant increase in QSM values in SN in the early stages of PD compared to control
groups, as well as the possibility of differentiating patient groups according to PD stages[8]. CEST MRI (Chemical
Exchange Saturation Transfer) quantitatively characterizes the proportions of different macromolecules,
peptides and circulating proteins by accessing specific chemical groups according to the frequencies used.
APT-CEST (Amine Proton Transfer) MRI acquisitions have targeted the accumulation of α-synuclein proteins in
clinical applications in PD[9,10]. These innovative methods of quantitative neuroimaging are of great interest
compared to standard methods (T1, T2, diffusion) and represent a major advancement in clinical research,
particularly on neurodegenerative pathologies such as PD. These methodological developments will allow us to
acquire clinical data at the state of the art of what is currently disseminated in the scientific community.
Our objective is therefore to develop at 3 T these two innovative quantitative MRI methods, as well as complete
data processing protocols. The clinical application of such quantitative methods requires a significant work on the
acquisition protocol (sequence design, optimization of acquisition parameters) as well as on the image processing
methods in order to extract quantitative information related to targeted pathophysiological changes. A first phase
will be carried out and validated using data acquired on healthy volunteers (3 T MRI, Neurinfo Platform, Rennes)
and specific samples (1.5 T to 7 T MRI, PRISM Platform, Rennes and Angers). This work will represent a preliminary
step before the acquisition at 3 T of QSM and CEST MRI data on a cohort of PD patients as part of a larger study
including multimodal data (MRI, High Resolution-EEG, PET and clinical scores).
REFERENCES :
[1] ER. Dorsey et al. JAMA Neurol (2018). 75:9-10.
[2] A. Kilzheimer et al. Front Neurol (2019). 10:1328.
[3] LV. Kalia et al. Lancet (2015). 386:896-912.
[4] P. Mahlknecht et al. J Park Dis (2015). 5:681-97.
[5] N. Tambasco et al. Neurobiol Aging (2019). 80:91-8
[6] L. Gan et al. Nat Neurosciences (2018). 21:1300-9.
[7] X. Guan et al. NMR Biomed (2017). 30:e3489.
[8] GEC. Thomas et al. J Neurol Neurosurg Psychiatry (2020). 91:418-25
[9] J. Zhou et al. J Magn Reson Imaging (2019). 50:347-64.
[10] C. Li et al. Frontiers Neurosc (2017). 11:489.
Manipula-teur/trice en IRM
Ainsi, la collaboration avec Canon Japon a permis d’installer un équipement IRM 3T dans l’Institut de Bio-Imagerie. Cette collaboration a débuté en 2017 et doit se poursuivre au moins jusqu'à fin 2023. Elle a pour objectif de contribuer au développement de cet équipement IRM 3T avec les équipes du CHU, du l’Université, du CNRS… toutes équipes qui souhaitent participer à cette aventure.
C’est pour travailler sur cet équipement et au sein de cette collaboration que nous sommes à la recherche d'un(e) manipula-teur/trice IRM - des connaissances en recherche clinique seraient un plus. Il/elle travaille 7h30 par jour du lundi au vendredi sous la responsabilité du directeur de l’Institut de Bio-Imagerie et en partenariat avec différentes équipes aussi bien du CHU, du CNRS que de l’Université.
Son contrat d’ingénieur d’études est un CDD avec l’Université de Bordeaux. Le poste mêle travail de manipula-teur/trice et travail de gestionnaire de l’IRM. En effet, le/la manipula-teur/trice gère l’activité de l’IRM et son environnement matériel.
Ingénieur de Recherche en imagerie multimodale préclinique
Activités principales :
· Etudier les besoins en relation avec les objectifs de recherche, évaluer et proposer des stratégies d’étude et méthodes de caractérisation ou d'observations adaptées
· Discuter de cahier des charges fonctionnelles avec les utilisateurs et rédiger le cahier des charges techniques des projets d’imagerie
· Organiser le suivi de la réalisation des projets d’imagerie, valider et qualifier la ou les méthodologies à mettre en oeuvre aux différentes étapes de réalisation (revues de projets)
· Conduire la consultation pour la réalisation du projet expérimental en imagerie du petit
Savoir-faire:
· Maîtriser les techniques et méthodes de l’IRM, définir et optimiser le protocole IRM en
fonction des exigences scientifiques d’un projet.
· Maitrise des techniques de bases d’expérimentation sur le petit animal (préhension,
administration de substances)
· Piloter un projet
· Utiliser les logiciels spécifiques au domaine (programmation C++, Paravision 6, Pmod)
· Animer une réunion
· Conduire une négociation
· Appliquer les procédures d’assurance qualité
· Appliquer les règles d’hygiène et de sécurité
· Gérer un budget
· Appliquer la réglementation des marchés publics
· Assurer une veille technologique et scientifique animal
· Piloter la réalisation des mesures, les interpréter et les valider
· Gérer l'ensemble des moyens humains, matériels et financiers alloués aux expériences
· Assurer la gestion, le maintien opérationnel des systèmes et le développement de l'imagerie du petit animal dans l’unité (IRM et microTEP/CT prioritairement)
· Former, informer, conseiller, sur les principes et la mise en oeuvre des dispositifs expérimentaux
· Exercer une veille sur les évolutions technologiques du domaine
· Assurer la sécurité de fonctionnement du système
· Gérer en discussion avec la responsable de service l’ensemble des ressources humaines, techniques et financières allouées au service
· Présenter, diffuser et valoriser les résultats expérimentaux
Aptitudes :
· Capacité de conceptualisation
· Sens critique
· Sens de l’organisation
· Rigueur
· Communication
Activités associées:
· Participer à la gestion du service d’exploration non invasive du CREFRE en prenant part
activement au maintien de son système documentaire qualité
· Assurer la surveillance du bien-être animal dans le cadre des protocoles d’imager
Spécificité(s) /Contrainte(s) du poste :
Expérimentation sur le petit animal
Manipulation de sources radioactives non scellées, scellées et générateurs de rayons X
Travail en environnement confiné
Horaires flexibles selon les contraintes du service
Astreintes weekends possibles
Expérience souhaitée :
· Expérience antérieure sur IRM préclinique Bruker (stage pratique a minima)
Ultrasound R&D Engineer
- Ensure the active transfer of technologies and know-how related to ultrasounds from public research partners for
the COMPANY benefit..
- Participate in the definition, management, control, and evaluation of R&D projects, related to ultrasound for therapy
and imaging, under his/her responsibility, as well as their technical implementation in line with timelines and
allocated resources, and report to the Hardware Manager.
- Write, update and organize review of requirements specification for the MD.
- Identify and solicit potential public and private partners within the context of COMPANY’s R&D project.
- Participate in the coordination of collaborative research program of the COMPANY.
- Develop close relationship with scientific community.
- Ensure scientific representation of the COMPANY to the Academic and industrial laboratories.
- Participate in defining in vitro and in vivo experimental protocols..
- Participate in writing application patent for the COMPANY, in collaboration with external patent office.
- Participate in writing scientific papers and articles.
- Integrate regulatory requirements in the COMPANY’ R&D research programs.
- Supervise the work of technical and technological suppliers in collaboration with the Hardware Manager and the
Head(s) of R&D and Manufacturing Department(s).
Assist the Hardware Manager and the Head(s) of R&D and Manufacturing Department(s) in the technical
development, the manufacturing and the industrialization of the MD.
- Participate in implementing, maintaining and improving the COMPANY’s Quality Management System (QMS)
- Participate in establishing technical documentation, in collaboration with the Quality and Regulatory affairs
departments.
- Attend national and international scientific congresses.
- Perform documentary and bibliographic researches.
- Ensure scientific surveillance.