FLI
In this section, you will find internships, thesis, post-doctorates, fixed-term and permanent contract vacancies in the network’s partner laboratories.
Liste des annonces
2017/09/13 – Postdoctoral position (2 years) : “Optical microscopy for 3D cellular imaging in microfluidics chip”
Though still confronted with multiple challenges, regenerative medicine (tissue reconstruction) offers many promises for the future. One of the current limitations remains the tissue vascularization. Ex vivo, this development requires the use of microfluidic systems to mimic vasculogenesis. A challenge remains however to be addressed: the characterization of the reconstructed tissues without altering their functionality to allow implantation. The aim of the project is to develop an optical imaging system allowing a morphological and functional 3D characterization on a micrometric scale of vascularized tissues inside a fluidic chamber. This research is a close collaboration between the biology laboratory CIBEST (Chimie Interface Biologie pour l'Environnement la Santé et la Toxicologie), the microfluidics laboratory LBCP (Laboratoire Biochip et bioPackaging) and the optics laboratory LISA (Laboratoire Imagerie et Systèmes d’Acquisitions) of CEA Grenoble.
The successful candidate will be responsible for developing and characterizing an innovative optical microscopy system that meets the expected performance to characterize the samples, including spatial resolution, field size, and sensitivity. Coupling and integration with microfluidics systems will be part of the objectives of this development. The impact of the complete system (fluidic and optical) on the samples will also be studied.
Do not hesitate to contact Pierre BLANDIN by e-mail for more detailed information on this project and its environment. The project will start in the fourth quarter of 2017.
2017/09/13 – Postdoctoral position : “Development of a cell analysis algorithm for lens-free microscopy”
At CEA-Leti we have validated a video-lens-free microscopy platform by performing thousands of hours of real-time imaging observing varied cell types and culture conditions (e.g.: primary cells, human stem cells, fibroblasts, endothelial cells, epithelial cells, 2D/3D cell culture, etc.). And we have developed different algorithms to study major cell functions, i.e. cell adhesion and spreading, cell division, cell division orientation, and cell death. In the frame of the current project, we will extend the analysis of the datasets produced by lens-free video microscopy by implementing a real-time cell tracking algorithm to follow every single cell and to plot different cell fate events as a function of time.
The postdoctoral scholar will be responsible for developing a cell tracking and cell segmentation algorithm and assess the novel microscopy technique in the realms of live cell culture imaging. To develop and assess this cell analysis software platform, the postdoctoral scholar will conduct three distinctive tasks. The first task is dedicated to the definition and the acquisition of a reference dataset. The second task will deal with the development of dedicated algorithms, namely a cell detection algorithm, a quantitative cell segmentation algorithm and a cell tracking and lineage algorithms. The last task deals with the exhaustive assessment of the methodology on different cell lines and experimental conditions.
2017/09/13 – Postdoctoral position : “Development of a cell analysis algorithm for lens-free microscopy”
At CEA-Leti we have validated a video-lens-free microscopy platform by performing thousands of hours of real-time imaging observing varied cell types and culture conditions (e.g.: primary cells, human stem cells, fibroblasts, endothelial cells, epithelial cells, 2D/3D cell culture, etc.). And we have developed different algorithms to study major cell functions, i.e. cell adhesion and spreading, cell division, cell division orientation, and cell death. In the frame of the current project, we will extend the analysis of the datasets produced by lens-free video microscopy by implementing a real-time cell tracking algorithm to follow every single cell and to plot different cell fate events as a function of time.
The postdoctoral scholar will be responsible for developing a cell tracking and cell segmentation algorithm and assess the novel microscopy technique in the realms of live cell culture imaging. To develop and assess this cell analysis software platform, the postdoctoral scholar will conduct three distinctive tasks. The first task is dedicated to the definition and the acquisition of a reference dataset. The second task will deal with the development of dedicated algorithms, namely a cell detection algorithm, a quantitative cell segmentation algorithm and a cell tracking and lineage algorithms. The last task deals with the exhaustive assessment of the methodology on different cell lines and experimental conditions.
Research assistant with an opportunity to do a PhD
Camelid single-domain antibody-fragments – the recombinantly produced antigen-binding domains of heavy chain-only antibodies, also called nanobodies – are proKcient probes for molecular imaging due to their small size (15 kDa), high stability and speciKcity towards in vivo targets of disease. In this project we aim at the development of a method for radiolabeling of nanobodies with the prosthetic group FFDR ([ F]-5-Fluoro-5-deoxyribose), evaluation of in vitro functionality, in vivo biodistribution and tumor targeting of the resulting nanobody tracers. This project aims are: (1) Nanobody generation and puriKcation (2) Radiolabeling with F-18 using FDR ([ F]-5-Fluoro-5-deoxyribose) prosthetic group; (3) Development of quality control procedures; (4) Preclinical validation in vitro (acnity measurements, cell binding assays, etc) and in vivo (biodistribution with pre-clinical PET/CT imaging techniques in animal models of disease); (5) Selection of a lead compound for GMP production; (6) learn about GMP production; (7) learn about Clinical translation: including IMPD writing, deKnition of patients population.
The main responsibilities of the candidate will be:
- To manage and carry out an independent research project in close collaboration with partners in PET3D
- To actively participate in research and training activities within the PET3D network
- To contribute to writing articles for scientiKc journals
- To disseminate research results in the scientiKc community (via international conferences) and in the non-scientiKc community (via outreach and public engagement)
Questions about content? Contact Vicky Caveliers on Vicky.Caveliers@vub.ac.be or Catarina Xavier on cxavier@vub.ac.be
There are strict eligibility requirements for the ESR positions in Marie Sklowdoska-Curie Innovative Training Networks. Please ensure that you are eligible before applying, as ineligible candidates cannot be considered.
Applicants should not have resided or carried out their main activity (work, studies, etc) in Belgium for more than 12 months in the 3 years immediately prior to the reference date.
Secondments: (i) 4 months at University of Aberdeen, United Kingdom (month 7); (ii) 6 months at Imanova, UK (month 24).
More information is available at www.vub.ac.be (http://www.vub.ac.be) under the heading ‘future employees’.
Research assistant with an opportunity to do a PhD
Camelid single-domain antibody-fragments – the recombinantly produced antigen-binding domains of heavy chain-only antibodies, also called nanobodies – are proKcient probes for molecular imaging due to their small size (15 kDa), high stability and speciKcity towards in vivo targets of disease. In this project we aim at the development of a method for radiolabeling of nanobodies with the prosthetic group FFDR ([ F]-5-Fluoro-5-deoxyribose), evaluation of in vitro functionality, in vivo biodistribution and tumor targeting of the resulting nanobody tracers. This project aims are: (1) Nanobody generation and puriKcation (2) Radiolabeling with F-18 using FDR ([ F]-5-Fluoro-5-deoxyribose) prosthetic group; (3) Development of quality control procedures; (4) Preclinical validation in vitro (acnity measurements, cell binding assays, etc) and in vivo (biodistribution with pre-clinical PET/CT imaging techniques in animal models of disease); (5) Selection of a lead compound for GMP production; (6) learn about GMP production; (7) learn about Clinical translation: including IMPD writing, deKnition of patients population.
The main responsibilities of the candidate will be:
- To manage and carry out an independent research project in close collaboration with partners in PET3D
- To actively participate in research and training activities within the PET3D network
- To contribute to writing articles for scientiKc journals
- To disseminate research results in the scientiKc community (via international conferences) and in the non-scientiKc community (via outreach and public engagement)
Questions about content? Contact Vicky Caveliers on Vicky.Caveliers@vub.ac.be or Catarina Xavier on cxavier@vub.ac.be
There are strict eligibility requirements for the ESR positions in Marie Sklowdoska-Curie Innovative Training Networks. Please ensure that you are eligible before applying, as ineligible candidates cannot be considered.
Applicants should not have resided or carried out their main activity (work, studies, etc) in Belgium for more than 12 months in the 3 years immediately prior to the reference date.
Secondments: (i) 4 months at University of Aberdeen, United Kingdom (month 7); (ii) 6 months at Imanova, UK (month 24).
More information is available at www.vub.ac.be (http://www.vub.ac.be) under the heading ‘future employees’.
2017/06/29 – COD- Ingénieur d’étude (Radiothérapie Expérimentale)
Dans le cadre du programme du cancéropôle Île-de-France « labellisation des cancéropôles » l'Institut Curie recrute un ingénieur d'étude au sein de la plateforme de Radiothérapie Expérimentale.
Cette plateforme a pour mission de mettre à disposition des utilisateurs différents types de sources de rayonnements ionisants permettant de traiter aussi bien des cellules que des animaux. Elle se doit également de mettre à disposition des compétences techniques et théoriques permettant aux unités associées de développer des projets dans les domaines de la radiobiologie et radiothérapie expérimentale.
L’ingénieur d’étude aura pour missions :
- de contribuer à la calibration, la maintenance des différents systèmes d’irradiation disponible sur la plateforme
- de contribuer à la mise à disposition d’un tube à rayons X permettant à la fois de faire de l’imagerie (scanner) et des irradiations de petits champs (1 mm) pour le petit animal (SARRP).
- de réaliser les traitements par chimiothérapie sur les animaux
- de contribuer aux développements en imagerie (imagerie multimodalités)
Activités : Sous l’autorité du Responsable de la Plateforme, l’ingénieur d’étude devra :
- Réaliser les acquisitions d’images et les traitements avec le SARRP
- Participer aux développements technologiques sur cet équipement (TPS, dosimétrie petits champs,…)
- Participer au suivi de maintenance, de fonctionnement et de gestion des appareillages de la plateforme - Participer à la réalisation des contrôles qualité sur les différentes installations et des dosimétries
- Exploiter et présenter les résultats des mesures et rédiger des rapports d’expériences - Participer à la gestion et à la coordination des projets d’expérimentation animale confiés à la plateforme
- Réaliser des expérimentations animales: Implantations, mesures, traitements, prélèvements, administration de produits, irradiations, autopsies
- Se tenir informé des évolutions techniques et les mettre en oeuvre au sein de la plateforme.
- Participer à la rédaction, mise en oeuvre et veiller à l’application des procédures générales et des procédures liées à l’activité de la plateforme.
-Participer à la rédaction et soumission des demandes d’autorisation d’expérimentation animale.
2017/06/29 – COD- Ingénieur d’étude (Radiothérapie Expérimentale)
Dans le cadre du programme du cancéropôle Île-de-France « labellisation des cancéropôles » l'Institut Curie recrute un ingénieur d'étude au sein de la plateforme de Radiothérapie Expérimentale.
Cette plateforme a pour mission de mettre à disposition des utilisateurs différents types de sources de rayonnements ionisants permettant de traiter aussi bien des cellules que des animaux. Elle se doit également de mettre à disposition des compétences techniques et théoriques permettant aux unités associées de développer des projets dans les domaines de la radiobiologie et radiothérapie expérimentale.
L’ingénieur d’étude aura pour missions :
- de contribuer à la calibration, la maintenance des différents systèmes d’irradiation disponible sur la plateforme
- de contribuer à la mise à disposition d’un tube à rayons X permettant à la fois de faire de l’imagerie (scanner) et des irradiations de petits champs (1 mm) pour le petit animal (SARRP).
- de réaliser les traitements par chimiothérapie sur les animaux
- de contribuer aux développements en imagerie (imagerie multimodalités)
Activités : Sous l’autorité du Responsable de la Plateforme, l’ingénieur d’étude devra :
- Réaliser les acquisitions d’images et les traitements avec le SARRP
- Participer aux développements technologiques sur cet équipement (TPS, dosimétrie petits champs,…)
- Participer au suivi de maintenance, de fonctionnement et de gestion des appareillages de la plateforme - Participer à la réalisation des contrôles qualité sur les différentes installations et des dosimétries
- Exploiter et présenter les résultats des mesures et rédiger des rapports d’expériences - Participer à la gestion et à la coordination des projets d’expérimentation animale confiés à la plateforme
- Réaliser des expérimentations animales: Implantations, mesures, traitements, prélèvements, administration de produits, irradiations, autopsies
- Se tenir informé des évolutions techniques et les mettre en oeuvre au sein de la plateforme.
- Participer à la rédaction, mise en oeuvre et veiller à l’application des procédures générales et des procédures liées à l’activité de la plateforme.
-Participer à la rédaction et soumission des demandes d’autorisation d’expérimentation animale.
2017/05/10 Ingénieur-e de Recherche 2ème classe: Expert-e en calcul scientifique – Traitement du signal et des images, Marseille
L'institut Fresnel recrute un Ingénieur-e de Recherche 2ème classe : Expert-e en calcul scientifique - Traitement du signal et des images pour :
• Formaliser, ou aider un chercheur à formaliser un problème scientifique, pour sa modélisation, sa représentation, et son traitement (simulation, résolution, optimisation...) ;
• Concevoir, développer ou adapter des méthodes d'analyse statistique et algébrique, de traitement du signal et de traitement d'images ;
• Choisir les moyens logiciels et matériels, en tenant compte de leurs performances et de leur pertinence dans le cadre d'un problème donné ou d'un projet de recherche : en particulier, conception conjointe d'algorithmes de traitement d'images et d'algorithmes rapides sur CPU standard ou sur systèmes spécialisés (par exemple GPU, implémentation FPGA...).
Pour la partie support :
• Administrer, maintenir et faire évoluer le réseau et ses services ;
• Installer et faire évoluer les éléments matériels et logiciels des systèmes informatiques ;
• Assurer la veille technologique.
2017/05/10 Ingénieur-e de Recherche 2ème classe: Expert-e en calcul scientifique – Traitement du signal et des images, Marseille
L'institut Fresnel recrute un Ingénieur-e de Recherche 2ème classe : Expert-e en calcul scientifique - Traitement du signal et des images pour :
• Formaliser, ou aider un chercheur à formaliser un problème scientifique, pour sa modélisation, sa représentation, et son traitement (simulation, résolution, optimisation...) ;
• Concevoir, développer ou adapter des méthodes d'analyse statistique et algébrique, de traitement du signal et de traitement d'images ;
• Choisir les moyens logiciels et matériels, en tenant compte de leurs performances et de leur pertinence dans le cadre d'un problème donné ou d'un projet de recherche : en particulier, conception conjointe d'algorithmes de traitement d'images et d'algorithmes rapides sur CPU standard ou sur systèmes spécialisés (par exemple GPU, implémentation FPGA...).
Pour la partie support :
• Administrer, maintenir et faire évoluer le réseau et ses services ;
• Installer et faire évoluer les éléments matériels et logiciels des systèmes informatiques ;
• Assurer la veille technologique.
2017/05/05 Software Engineer for Neuroimaging, Gif-sur-Yvette et Paris
The engineer will work on several of the technologies involved in the construction of CATI services: Linux, Python, Qt, Pyramid, PostgreSQL, REST web services, Apache, OpenSSH, etc.
Objectives :
The recruited person will work mainly on CATI data flow and data sharing, but also on production and data analysis tools. These data combine heterogeneous measurements from several acquisition modalities such as MRI, nuclear imaging, genotype, behavioral assessments and neuropsychological questionnaires.
The main work will consist in setting up the data flow of new studies as well as the maintenance and operation of the services for existing studies. In particular :
• Implementation of the De Novo project data flow.
• Creation of a data exposure service for this project.
• Participation in the development of CATI's IT tools.