Emploi - FLI

Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.

Liste des annonces

6 1 … 11 12 13 … 29 7

Emploi Post-doc/ Organic chemistry/Radiochemistry and process/Chemistry engineering

The project is multidisciplinary and involves organic chemistry, radiochemistry of fluorine18, carbon-11 and radiometals and partly chemical engineering for the automation of the manufacturing processes. The project has 2 main objectives :
• the development of new radiosyntheses on a dedicated R&D module: evaluation of different reaction conditions to incorporate the radioactive isotope on the target molecule, protection/deprotection of sensitive chemical functions, development of purification methods, microfluidic transfer automation ...
• the optimization and validation of the fully automated robotic manufacturing system, from the production of the isotope to the syringe on the iMiGINE prototype installed at the SHFJ.
Programing and piloting the robot will first take place at PMB, without radioactivity, before being transposed to the system installed at the SHFJ. The project is conducted within a network of laboratories involved in the development of the iMiGINE system and is financed by the French Plan de Relance.
The proposed contract is for 12 months renewable once.

Applicants : Students with a PhD in organic chemistry, radiochemistry or chemical engineering interested in the automation of synthetic processes and the chemistry / medicine interface are strongly encouraged to apply. The PhD must have been obtained in 2019, 2020 or 2021 imperatively.

More info :
http://www.biomaps.universite-paris-saclay.fr/
https://www.pmb-alcen.com/fr

POSTDOCTORAL POSITION MRI PHYSICIST UHF – 7T TERRA

We have a vacancy for a 3-year postdoc position as part of an international collaboration project in ultra-high field MRI. The SCAIFIELD project is financed through the EU Joint Programme for Neurodegenerative Disease Research (JPND) and involves five partners from four countries (Belgium, Norway, Germany, and Turkey). The goal of the project is to establish quantitative 7 Tesla MRI biomarkers for Ataxia disease with high potential for detecting early disease manifestation and monitoring progression. Specifically, the postdoc position at GIGA-CRC-IVI will focus on the development of quantitative MRI sequences. The position will include both MR sequence programming and in-vivo experiments.

Responsibilities – main function
Implementation and analyses of quantitative MRI in collaboration with SCAIFIELD project partners and with the support of Siemens Healthineers (research and collaboration agreement).

At GIGA-CRC-IVI, a multidisciplinary team of researchers is involved in SCAIFIELD: Dr. Pierre Maquet (neurologist), Dr. Christophe Phillips (biomedical engineer), Dr. Gilles Vandewalle (biologist) and Dr. Christine Bastin (psychologist).

Post-doc Analytic Chemistry and Mass Spectrometry Imaging

CONTEXT
Positron Emission Tomography (PET) associated with radiotracers labeled a positron emitter is a powerful non invasive technique for functional, metabolic and quantitative imaging of relevant biomarkers. In the frame of the BIOMETMS project funded by CEA we aim to develop an innovative approach to improve the discovery of new tracers during the early steps of development including their biodistribution and determination of the uptake on the target of interest by mass spectrometry imaging. Implementation of these strategies will allow a more focused and rational PET ligand discovery effort to identify high quality PET ligands in particular for neuroimaging.
OBJECTIVES
The postdoctoral fellow will develop an innovative approach to study the biodistribution of tracers developed for positron emission tomography (PET) imaging in biological tissues. Based on mass spectrometry imaging techniques, the aim of the project is to detect, localize, identify structure and quantify new radiotracers and their metabolites in the tissues, in particular in the brain. Indeed, this powerful tool will allow the screening of a much larger number of candidates while offering the possibility of measuring their uptake on the targets of interest and this upstream of the radiolabelling steps of the ligands to maximize their chance of success in imaging and transfer in the clinic. The BIOMETMS project involves the recognized expertise of 2 academic laboratories : BioMaps (http://www.biomaps.universite-paris-saclay.fr) in the development of PET radiotracers and that of the UPR2301 in mass spectrometry imaging (https://icsn.cnrs.fr/recherche/cbsa/ms) and is done within the framework of a project fun

INGENIEUR.E PLATEFORME TEP

Dans le cadre de la montée en puissance de la plateforme (PF) d'imagerie TEP suite à la mise en service prochaine de l’unité de radiochimie de MIRCen, il est important de renforcer l’équipe afin d’optimiser le fonctionnement de la PF et d’assurer des projets en partenariat avec notamment l’Institut JACOB (IDMIT) et le réseau NeurATRIS.
Entouré.e par une équipe de chercheurs, ingénieurs et techniciens, le (la) candidat (e) sera en charge du bon fonctionnement et coordination de de la PF, la mise en œuvre et exécution des examens TEP pré-cliniques attribués à la PF.
Ses missions principales seront :
1)- Bon fonctionnement de la PF TEP : assurer la logistique et le maintien opérationnel de la PF, prendre part au reporting d’activité, gérer l’interface avec la PF radiochimie,

2)- Assurer la programmation et s’impliquer dans la réalisation des examens TEP précliniques,

3)- Assurer le traitement de 1er niveau des examens TEP et la mise en place de bases de données brutes.

CDD – Post doc (12-24 mois) – GRADIVA

Environment: We offer a stimulating research environment gathering experts in Neurosciences & Neuroimaging and experts in Advanced Statistical and Machine Learning methods. The post-doc position will be available in the context of the Grenoble 3AI project (chair neuromorphometrics @MIAI https://miai.univ-grenoble-alpes.fr/). The postdoctoral fellow will work in close collaboration with a PhD student working on Graphs as model for brain network studies and with a Cea-List team which has developed a bioinspired architecture which could offer interesting resilient properties.

Starting date: Autumn 2021
How to apply: Send an email directly to the supervisors with your CV. Applications will be accepted up to the 31st of August. The final decision will be given by the beginning of October.

Technicien plateforme imagerie préclinique (TEP-TDM)

CONTEXTE
Les objectifs du laboratoire « Imagerie de l’Infection et de l’Immunité » , L3i, sont de mettre en place des approches méthodologiques permettant la visualisation par imagerie multimodale in vivo (imagerie optique confocale et biphotonique, imagerie TEP-TDM) et ex vivo (analyses histologiques (IHF, IHC, HIS)) i) de la dynamique des processus de transmission et de dissémination des pathogènes, ii) des processus moléculaires et cellulaires de la mise en place de la réponse de l’organisme hôte, et iii) de l’efficacité des traitements et des stratégies de prévention, comme les vaccins, dans des modèles de maladies infectieuses utilisant le primate non-humain.
Le travail de technicien en plateforme d’imagerie multimodale, plus tout particulièrement pour ce poste avec un TEP-TDM in vivo (Tomographie par Emission de Positons-Tomodensitométrie à rayons X), sera réalisé en cotutelle sous la direction du responsable du département IDMIT (Dr Roger Le Grand) et de la responsable du laboratoire L3i (Dr Catherine Chapon) au centre DRF du CEA à Fontenay-aux-Roses, et des ingénieurs responsables des instruments d’imagerie.

MISSIONS

Elles sont centrées principalement sur l’imagerie TEP-TDM, et également le support technique à la réalisation des expériences d’imagerie multimodale chez le primate non humain in vivo et ex vivo selon les nécessités, au sein de la plateforme L3i et consisteront à :
- Assurer une partie du monitoring et de la réalisation du contrôle qualité des examens d’imagerie TEP-TDM
- Réaliser les expérimentations nécessaires à la préparation des solutions injectables pour les examens en imagerie TEP-TDM
- Réaliser les expérimentations nécessaires à l’analyse des échantillons prélevés au cours des examens en imagerie
- Réaliser, avec l’ingénieur responsable notamment, les expérimentations en imagerie TEP-TDM in vivo chez le primate non humain
- Former et encadrer les utilisateurs de la plateforme

TECHNICIEN(NE) CYCLOTRONISTE – CDI

Vous êtes chargé de conduire les cyclotrons pour produire et transférer les radioisotopes à vie brèves (carbone-11/fluor-18) vers l’ensemble des laboratoires de radiochimie. Vous assurez également le suivi technique des deux cyclotrons et de l’ensemble des automates et robots de radiosynthèse et des enceintes blindées (11 automates / 17 enceintes blindées), comprenant des interventions de premier niveau, dépannage, tests techniques, approvisionnement en pièces détachées, gestion des contrats de maintenance et relations avec les fabricants. Vous gérez enfin la surveillance des aspects de sécurité (contrôles radiologiques en lien avec SPRE et suivi des procédures liées à l’activité nucléaire). Vous participez à la mise en place d'un système documentaire, gérez les déchets et intégrerez les groupes des correspondants transports de matières radioactives dans le respect de la règlementation.
Pour réaliser les missions du poste, vous passerez l’examen du CAMARI et vous travaillerez en horaire posté (6h30-14h07).

Chargé.e de mission “Business development” PASREL-Imagerie

CONTEXTE
La filière industrielle de la santé française bénéficie de l'excellence de la recherche menée dans les organismes publics de recherche (Inserm, CNRS, CEA, Inria, etc.) et les centres hospitalo- universitaires, (CHU, IHU, FHU, RHU) et de nombreuses connexions avec les incubateurs et les sociétés industrielles. C'est une filière stratégique pour la France, source de visibilité internationale et de retombées économiques, sociales et sociétales nationales très importantes. Cependant, le contexte de vieillissement de la population et de maladies émergentes d'une part, de forte compétitivité internationale d'autre part, impose à la filière de retrouver une nouvelle dynamique. Pour relever ce défi, une articulation renforcée entre les expertises des plateformes technologiques et des laboratoires de recherche académiques, l’expertise en recherche clinique et en clinique des centres hospitalo-universitaires et l’expertise en production et commercialisation des produits de santé des industriels est nécessaire.
PASREL-Imagerie est centré sur le domaine de l’imagerie médicale et des expertises associées. En effet, l’imagerie médicale dispose d’atouts uniques et reconnus, permettant d’accélérer et de dé-risquer le développement de nouvelles thérapies et de dispositifs médicaux. PASREL-Imagerie vise à animer la filière et en particulier, à organiser, faciliter et développer l’accès des industriels de la santé à des équipements d’imagerie de pointe et à des expertises de 1er plan (acquisition de données dans toutes les modalités, modèles animaux, gestion et analyse des images, études multicentriques). Ce programme s’appuie sur la plateforme opérée par CEA-Paris Saclay sur des sites voisins – IDMIT, MIRCen, NeuroSpin, SHFJ – qui disposent de systèmes d’imagerie uniques pour les études précliniques et cliniques. La plateforme met également à disposition des modèles animaux pour la neurologie, la cancérologie et les maladies infectieuses. Une offre de services lisible et cohérente sera proposée aux industriels en adéquation avec leurs besoins.
MISSIONS
Dans un environnement multidisciplinaire, le/la chargé.e de mission est chargé.e, en lien avec les coordina-teur-trice et la cheffe de projet, de développer les partenariats entre la plateforme PASREL-Imagerie et les industriels de la santé franciliens voire à l’échelle nationale. Plus précisément, les missions se déclinent ainsi :
- Animer la filière stratégique de l’imagerie médicale au service des développements industriels en santé en faisant le lien entre les industries franciliennes et les experts académiques ; cette animation se fera en lien avec FLI,
- Définir l’offre de prestations de PASREL-Imagerie en lien avec les experts de la plateforme : plusieurs services intégrés seront déclinés en fonction de l’expression des besoins des industriels et des spécificités de la plateforme ;
- Établir une offre de formations à-façon en adéquation avec les attentes des industriels en lien avec l’INSTN, l’institut de formation du CEA ;
- En lien avec les CROs et leurs associations professionnelles, prospecter des clients pour PASREL-Imagerie ;
- Organiser des événements et des visites de la plateforme ;
- Gérer le guichet centralisé : coordination et relais vers les interlocuteurs de la plateforme ; mise en place des contrats ; gestion de la propriété industrielle et des relations avec les industriels pour les contrats nationaux mis en œuvre ; suivi des projets ; bilan ;
- Dresser le bilan annuel de l’activité de prospection.

CDD Ingénieur FLI-IAM Workflow management

CONTEXTE
France Life Imaging (FLI) is a large-scale research infrastructure project aimed at establishing a coordinated and harmonized network of biomedical imaging in France. This project was selected by the call “investissements d’Avenir” as an “Infrastructure in Biology and Health”. Its objective is a) to coordinate nationwide research activities concerned with in vivo imaging and combine the skills to push the current technological barriers, and b) to provide scientists a convenient access to a complete range of imaging technologies (150 imaging systems) and integrated services. Within this infrastructure, the Node “Image Analysis and Management” (IAM) is coordinated by Inria.
Within this infrastructure, the Node “Image Analysis and Management” (IAM) aims at building and operating an infrastructure to store, manage and process in vivo imaging data coming from human or pre-clinical procedures. One of the main bricks of this infrastructure, allowing to process the data, is the Virtual Imaging Platform (VIP), developed and deployed at the CREATIS laboratory. VIP is a web portal for the simulation and processing of massive data in medical imaging. By effectively leveraging the computing and storage resources of the EGI e-infrastructure, VIP offers its users high-level services enabling them to easily execute medical imaging applications. VIP has, in 2020, more than 1200 registered users and about 20 applications open to all its users. VIP users have produced sixty international publications since 2011.
In the last few years, VIP has addressed interoperability and reproducibility concerns, in the larger scope of a FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) approach to scientific data analysis. Through Boutiques, VIP is able to easily describe and integrate new applications, as well as publish them on open repositories, such as Zenodo, to make them findable and accessible. Through CARMIN, we also strive to ensure interoperability among platforms, such as VIP and the Shanoir data management platform. Nevertheless, further developments are needed at the workflow management level, allowing for a simpler and more standardized way of building, integrating and managing workflows in VIP.
In this context, the engineer will work on extending VIP with functionalities in line with the larger FLI-IAM objectives. The engineer will be hosted at the CREATIS lab. He or she will be under the supervision of the manager of the VIP platform and will interact with the other VIP engineers and the broader FLI community.

OBJECTIVES OF THE POSITION
In close cooperation with the technical manager, the main objectives of the position are:
• Interoperability and reproducibility
- Improve the workflow management system in VIP, allowing for an easier import of complex workflows and a better reproducibility of scientific results
- Extend Boutiques support, enabling FAIR data analysis
- Follow-up on CARMIN and interoperability with other computing and data platforms
- Integrate BIDS support in VIP
• Scientific algorithm challenge
- Import into VIP the pipelines provided by challengers and the metrics
- algorithms provided by organizers, based on Boutiques descriptors and Docker containers
- Handle the data transfers between VIP and Shanoir
- Handle the complete process of pipeline integration, execution and providing final results

CDD Ingénieur FLI-IAM Open Data et interopérabilité

CONTEXTE

France Life Imaging (FLI) is a large-scale research infrastructure project aimed at establishing a coordinated and harmonized network of biomedical imaging in France. This project was selected by the call “investissements d’Avenir” as an “Infrastructure in Biology and Health”. Its objective is a) to coordinate nationwide research activities concerned with in vivo imaging and combine the skills to push the current technological barriers, and b) to provide scientists a convenient access to a complete range of imaging technologies (150 imaging systems) and integrated services. Within this infrastructure, the Node “Image Analysis and Management” (IAM) is coordinated by Inria.
The objective of this node is to propose an infrastructure to store, manage and process in-vivo imaging data coming from human or pre-clinical procedures. We contribute to an archiving and management infrastructure of in-vivo images as well as provide solutions to process and manage the acquired data through dedicated software and hardware solutions. In addition, we have built a versatile image analysis and data management solution for in-vivo imaging that will allow the interoperability between distributed production sites and distributed users, heterogeneous and distributed storage solution implementing raw and meta-data indexing.
In this context and within the last years we have collected and maintained different kind of data, using the web-based image database, called Shanoir (http://www.shanoir.org), and different kind of processing algorithms, using the web-based platform VIP (https://www.creatis.insa-lyon.fr/vip/). The goal of this position consists in working on a structured and controlled public exposition of these assets, in the philosophy of open science and open data. Any user on the web should be able to search and find potential data or algorithms of its interest hosted with FLI-IAM, using a defined and limited set of meta-data as its search criteria.

OBJECTIVES OF THE POSITION
In close cooperation with the technical manager, the main objectives of the position are:
• Open science and FAIR principles
- Exposition of data and algorithms with FLI-IAM on a publicly available website
- (portal)
- Specification of this open catalog and portal
- Implementation of this open catalog and portal
- Specify, manage and implement a common data access request

• Interoperability
- Analyze and implement new levels of interoperability between FLI-IAM and other platforms/projects, e.g. like France BioImaging (FBI, https://france-bioimaging.org)
- Interoperability with bioschema.org or other frameworks