FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
Liste des annonces
Post-doctoral Position in Ultrasound Imaging
Summary of the project:
Goal of the project
This research project ULTRADIAPH aims to develop an ultraportable solution relying on ultrafast ultrasound (US) providing innovative biomarkers of respiratory muscle function and improving the reliability of existing biomarkers. We intend to use this new tool to improve knowledge regarding respiratory muscle structure and function within the Intensive Care Unit (ICU) with the ultimate goal to improve the management of these patients. Three different aims will be addressed:
Aim 1: To develop a handheld ultraportable ultrasound device for assessing the respiratory muscles within the ICU.
Aim 2: To develop innovative ultrasound-based biomarkers for the assessment of respiratory muscle structure and function.
Aim 3: Improving the assessment of the respiratory muscles using ultrasound within the ICU, improving patient-ventilator interaction.
Opening: November 2021 funded by ANR (for 18 months), Deadline February 1st, 2022.
Offre Post-doc 18 mois : Conception, optimisation et validation d’un dispositif médical ultrasonore minimaliste porté pour la mesure du diamètre artériel
Contexte et objectifs
La mesure de paramètres physiologiques est essentielle pour le diagnostic d’une pathologie chronique ou le suivi de son évolution en réponse à un traitement. L’évaluation de ces paramètres dans la vie quotidienne est un défi technologique pour la médecine personnalisée. Depuis quelques années, les systèmes portés se multiplient, que ce soit à des visées médicales ou pour le bien être. Ils sont performants en terme d’ergonomie et d’autonomie, mais la robustesse décevante de la mesure reste problématique d’un point de vue médical.
Depuis plusieurs années, l’équipe du LETI/DTBS/LS2P développe des systèmes de mesures de paramètres physiologiques portés sur la personne, fondés sur différentes modalités (optique, électrique, accéléromètre,…). L’approche portée par le projet DIAMAND est d’associer à ces différentes modalités une mesure par ultrasons de paramètres physiologiques, et notamment du diamètre de l’artère. L’objectif est de proposer et de tester une architecture et une stratégie d’acquisition minimalistes pour obtenir des mesures de diamètre d’artère par ultrasons avec une grande précision (qqs µm). Cet aspect « minimaliste » permettra de limiter l’encombrement global du dispositif, sa consommation énergétique, et la quantité de données générées, pour pouvoir par la suite intégrer cette mesure dans un dispositif multimodal de mesure de paramètres physiologiques.
Programme
La première phase du projet consistera à optimiser, par simulation, les paramètres de la sonde et le protocole d’acquisition associé, en considérant une configuration simple (géométries canoniques, absence de bruit, interfaces parfaites, …). Cette optimisation sera menée avec les outils de simulation de CIVA, incluant la génération et la réception des ondes par un capteur quelconque, sa propagation au sein de milieux hétérogènes et/ou anisotropes, sa diffraction par la structure ou des défauts. Le modèle de propagation du type « rayon » prend en compte i/ les phénomènes de réfraction et de réflexion, avec et sans conversion de mode aux différentes interfaces, II/les sondes multiéléments et les différents modes d’acquisition et d’imagerie associés, III/ toute la complexité fréquentielle du signal d’émission car le calcul est réalisé en réponse impulsionnelle. Un algorithme de traitement devra également être développé pour extraire, à partir des mesures simulées, le diamètre de l’artère. Les contraintes imposées concerneront notamment l’encombrement global du dispositif, sa consommation, et la quantité de données générées et à traiter. Les performances attendues seront exprimées en termes d’erreur de mesure acceptée et de fréquence de répétions des mesures. Les paramètres attendus pour ce premier dimensionnement seront le nombre d’éléments, leur disposition, les fréquences centrales et d’échantillonnage des signaux utilisés ainsi que le mode d’acquisition (émission/réception confondues ou séparées, avec ou sans focalisation, avec l’ensemble des éléments ou non…). A l’issue, un cahier des charges sera rédigé en vue de la fabrication d’un premier prototype avec une technologie piézoélectrique.
La seconde phase sera dédiée à une étude de sensibilité des performances de ce design. Nous définirons ainsi un certain nombre de paramètres incertains, par exemple la vitesse de propagation dans le sang, une éventuelle déformation de l’artère, une erreur de positionnement de la sonde, la présence d’un bruit lié à la complexité des tissus traversés ou le bruit généré par les composants, ainsi qu’une plage de variation associée, pour générer une base de données simulées. Grâce à une technologie de métamodèle et d’outils d’analyse statistique disponibles dans CIVA, différentes études de sensibilité seront alors réalisées afin d’estimer l’influence des différents paramètres et leurs conséquences sur les performances de mesures, notamment l’erreur commise.
La troisième phase sera dédiée à la validation expérimentale du prototype de sonde piézo-électrique fabriqué à partir du cahier des charges. Les premières acquisitions seront réalisées in vitro sur des fantômes dont les paramètres géométriques et ultrasonores, notamment les vitesses de propagation, seront parfaitement maîtrisés. L’objectif sera notamment d’établir les puissances électriques nécessaires afin d’obtenir un le rapport signal sur bruit satisfaisant et d’estimer la précision nominale de mesure du diamètre de l’artère. Enfin, une étude de sensibilité sera menée dans des conditions comparables à celle réalisée lors de l’étude en simulation, afin d’en confirmer les conclusions en termes d’évolution de performances de la mesure du diamètre de l’artère. Une seconde campagne sera menée in vivo. Des mesures de diamètre d’une artère humaine réalisées avec ce prototype seront comparées à celles réalisées avec des échographes ultrarapides disponibles à BIOMAPS.
Enfin, une campagne de validation in vivo sera menée avec un capteur PMUT ou CMUT, existant ou spécifiquement réalisé dans le cadre du projet, dont les dimensions auront pu être adaptées en fonction des résultats des études précédentes. L’objectif sera de s’assurer que ce système minimaliste permet d’obtenir des performances attendues en conditions réalistes.
Profil
Ce post-doc sera réalisé en région parisienne, sur le plateau de Saclay. Il comporte deux étapes principales, la première menée au sein de l’équipe LIST/DISC, fera appel à des simulations à l’aide d’une plateforme existante et facilement accessible. La seconde, menée dans le laboratoire
BIOMAPS, au Service Hospitalier Frédéric Joliot d’Orsay, sera dédiée à des validations expérimentales in vitro et in vivo en utilisant les moyens expérimentaux disponibles. La candidate ou le candidat, titulaire d’un doctorat, devra avoir de solides compétences en mesure ou imagerie ultrasonore, de préférence dans le domaine de la santé. Des connaissances en modélisation et simulation serait un plus.
Durée
18 mois : 6 mois au LIST et 12 mois à BIOMAPS
Post-doctoral position : Motion-corrected reconstruction for neuropediatric MRI
The objective of the project is to develop motion-robust acquisition and reconstruction strategies for neuropediatric MRI. The methods will be based on joint optimization techniques, which allow the image and motion parameters to be reconstructed simultaneously [1,2]. Methods will be investigated that use the raw MRI data only, or in combination with extra motion information such as self-navigation MRI data (i.e. repeated k-space center) or Pilot Tone data [3]. Initial developments and validation will be conducted at 3T (Nancy). The ultimate aim of the project is to apply the methods to pediatric neuroimaging at 7T (collaboration with NeuroSpin, Paris-Saclay).
[1] F Odille et al., IEEE Trans Med Imaging. 2016 Jan;35(1):197–207.
[2] L Cordero‐Grande et al., Magn Reson Med. 2020;84(2):713–26.
[3] T Vahle et al, Invest Radiol. 2020 Mar;55(3):153–9.
Post-doctoral position : Electrical property imaging by MRI
The objective of the project is to develop novel acquisition and reconstruction methods for imaging electrical properties (i.e. conductivity and permittivity) in-vivo in humans. MR-EPT (MR electrical property tomography) relies on the fact that electrical property changes throughout the patient result in a small - yet measurable - spatial modulation of the transmit and receive radiofrequency fields (B1+ and B1-). Various methods have been proposed based on B1+ mapping, phase images (spin-echo or bSSFP sequences), or ultra-short echo time sequences (UTE/ZTE). In previous work we have developed a new method based on a UTE sequence and a generalized reconstruction framework [1]. This involved solving a modified Helmoltz equation of the form ∆B/B κ^(-1)+∇B/B∙∇(κ^(-1) )≈iμ ω, with B^2 the complex UTE image and κ=σ+iωε_0 ε_R the complex admittivity (σ the conductivity, ε_R the relative permittivity). The aim of the project is to improve and further validate the technique for in-vivo application. In particular the following aspects can be investigated: robust denoising of the input data prior to Laplacian calculation, region-wise reconstruction using a prior segmentation from another imaging contrast (e.g. T1-weighted or T2-weighted), source separation methods to eliminate spin-density contrast in the raw UTE images.
[1] P Soullié et al., Magn Reson Med. 2021;85(2):762–76.
Ingénieur plateforme (12 mois)
Une plateforme IMOSAR FR 3616 (Imagerie en ostéo-articulaire pour la recherche) a été créée en janvier 2014 et renouvelée par l' HCERES en 2018 en association du B3OA et de Bioscar U 1132 Inserm. Elle associe des outils de recherche préclinique sur le petit animal et sur l'imagerie de pièces anatomiques ou de matériaux. Trois niveaux d'accès sont proposés : (i) mises à disposition des équipements après formation, (ii) collaboration scientifique, (iii) prestation de service. Une description détaillée de l'organisation et des équipements d'IMOSAR est disponible à https://www.imosar.cnrs.fr. La personne devra prendre en charge la partie de la plateforme dépendante du B3OA qui comporte les 2 appareils micro-scanner un Skyscan 1172 et Skyscan 1176. Le laboratoire B3OA regroupe des chirurgiens orthopédistes, des dentistes, des vétérinaires, une rhumatologue et des radiologues, des biologistes, des biochimistes et des ingénieurs. Le B3OA est affilié au Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), à l'Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), à l'Université de Paris, et à l'École Nationale Vétérinaire d'Alfort (ENVA).
Exploring the effect of photobiomodulation on brain activity using fMRI and MEG
Topic of the study: The series of experiments will focus on whether photobiomodulation, the use of red to near infrared light (λ=600-1000nm) on body tissues, can improve brain function in normal individuals, both young and older, with a view to it forming a preventative treatment for neurodegenerative disease, particularly Alzheimer's disease. The premise here is: by improving brain function in normal subjects, strengthening the functional connectivity between regions, the brain is in an healthier state and less likely to decline into dysfunction and disease with age. To these ends, brain function will be measured in individuals using fMRI (functional magnetic imaging) and MEG (magnetoencephalogram). A bespoke an extracranial photobiomodulation device will be used, one based on a device that is currently in use for Parkinson's disease patients (Hamilton et al 2019; Photobiomod, Photomed and Laser Surg 37:615–622). The results generated will provide insight into whether photobiomodulation influences overall brain activity and whether there are any major differences in its effect on young, as compared to older neural systems. The results will also form a key template for future study on the effect of photobiomodulation on Alzheimer's disease patients.
Validity: 1/01/2022 au 1/01/2025
Chef de projet pour le hub Paris Centre de France Life Imaging
-Coordination locale: création d'un comité de pilotage du Hub, incluant une représentation de toutes les plateformes et dirigée par le coordonnateur du hub; planification des réunions du comité de pilotage (avec ordre du jour et compte-rendu), liaison avec les actions des groupes de travail, y compris les appels d'offre pour projets collaboratifs émis par FLI.
-Liaison avec la coordination nationale de FLI: diffusion d'informations du Comité de Pilotage national de FLI lors des réunions de comité local, retour d'expérience du comité local vers le comité national, mises à jour annuelles de la feuille de route pour les besoins actuels et futurs en équipement d'imagerie. Collecte de métriques d'activité des plateformes telles que le taux d'occupation, estimations de coûts, profits externes, collaborations académiques, partenariats industriels, bibliométrie.
-Standardisation de la gestion des plateformes au sein du hub et avec les autres hubs: outils de reservation, métriques d'utilisation, gestion des partenariats (y compris partenariats industriels) -Communication: définition d'un service régional, collaboration avec les "pôles de compétitivité"
Le·a chef·fe de projet travaillera au sein de l'équipe Van Beers (laboratoire des biomarqueurs en imagerie, Centre de Recherche sur l'Inflammation, Inserm UMR1149 / Université de Paris), avec laquelle toute implication y compris scientifique sera encouragée. L'équipe scientifique est constituée de physiciens et de radiologues (Doctorants, chercheurs post-doctorants, Ingénieure de recherche et chercheurs permanents). Elle est focalisée sur les développements cliniques et précliniques de méthodes d'imagerie pour les maladies hépatiques et abdominales telles que la stéatohépatite non alcoolique, la cirrhose et le cancer, ainsi que les lésions inflammatoires et cancéreuses du pancréas. De nouvelles méthodes d'imagerie sont développées, certaines permettant la caractérisation biomécanique des tissus, la mesure des propriétés de dispersion du coefficient de diffusion ou d'autres méthodes avancées de relaxométrie (T1, imagerie de la graisse). L'équipe est également orientée vers le développement de méthodes statistiques ou d'apprentissage pour la classification non supervisée de données hétérogènes incluant les données d'imagerie.
Le contrat sera d'une durée de 1 an (renouvelable).
Post-doctoral fellowship in MRI
Project
The overall objective will be to develop and validate novel MR biomarkers of NASH. This goal will be pursued through preclinical, small animal and clinical imaging studies. Quantitative MRI methods that we develop and validate for NASH diagnosis in this research project include 3D multifrequency MR elastography, TDS, fat imaging and relaxometry.
Expected skills
The applicant (PhD or MD-PhD) should have demonstrable skills in any of the following areas: MRI, physics-based image analysis or biomedical imaging. Knowledge in radiology and hepatology is strongly encouraged. The applicant must be well organized, able to interact with people having many different levels and areas of expertise and be proficient in scientific experiment design, statistical analysis and scientific writing. The position involves French and English languages.
18-months postdoctoral position open on 01/11/2021 – In vivo MRI for therapeutic applications of metal chelation
A 18-months postdoctoral position is available at the Institute of Molecular Sciences in Bordeaux. The position is open in the “Molecular MR Imaging” group, head Dr. Yannick Crémillieux, in the framework of the research program SEMB (Selective extraction of metals from the brain) supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR). The objectives of the SEMB project are to implement new strategies for metal chelation in the brain that will be applied in diseases associated with deregulation of metal homeostasis. The research project of the recruited fellow will focus on the use of MRI and MRS for assessing the efficacy and the impact of metal chelation on animal models of neurodegenerative diseases. The research fellow will work in a multidisciplinary environment including MRI physicists, neuroscientists and chemists.
How to apply? Interested candidates should send their detailed CV and a cover letter by email to the attention of yannick.cremillieux@u-bordeaux.fr
CDD longue durée Chargé.e d’études in vivo
Description
Au sein de la direction Recherche et Innovation de GUERBET, vous intégrez le pôle d’Imagerie et Biologie. Vous assurerez l’avancement des études biologiques dans le domaine de l’imagerie diagnostique par IRM dans le cadre des programmes de recherche ou de projets de early développement (jusqu’à la phase I).
Vous aurez pour missions principales :
• Concevoir, mettre au point et réaliser des travaux expérimentaux de biologie et d’imagerie in vivo sur des modèles précliniques en autonomie totale
• Interpréter et exploiter les données et les paramètres collectés avec un sens critique et adapter si besoin, les procédures expérimentales
• Rédiger les protocoles et les rapports d'études des travaux réalisés
• Consigner les données brutes et les résultats sur les supports en vigueur (cahier de laboratoire, fichier informatique, ..)
• Garantir la fiabilité de ses résultats et identifier toutes anomalies ou non-conformité éventuelles
• Appliquer les consignes et instructions données en matière de santé, sécurité et environnement
• Mettre en œuvre et veiller à la maintenance et à la qualification des appareils de laboratoire
• Réaliser une veille technologique et bibliographique dans son domaine
En intégrant une équipe à taille humaine, vous serez impliqué(e) dans diverses missions relatives au pôle d’Imagerie et Biologie en lien avec les autres pôles de la recherche (Physico-chimie Formulation, Spectrométrie de masse/bioanalyse et Chemical Discovery)