FLI
Vous trouverez dans cette rubrique les offres de stage, de thèses, de post doctorats, de CDD et CDI à pourvoir dans les laboratoires partenaires du réseau.
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Ingénieur.e de recherche : application avancée de l’imagerie par résonance magnétique (IRM) à 3 et 7 Tesla pour l’étude du développement cérébral chez l’enfant-Neurospin, Hôpital Robert Debré APHP-CDD 2 ans renouvelable
Ce poste s’inscrit dans le cadre de l’Institut Hospitalier Universitaire (IHU) RobertDebré du Cerveau de l’Enfant (IRDCE) dont la thématique de recherche est le développement neuronal et cognitif de l’enfant, de la naissance au début de l’âge adulte (https://cerveau-enfant.org/). Le projet de l’IHU s’appuie en particulier sur l’imagerie par résonance magnétique à 3 et 7 Tesla, et sur un large spectre de modalités dont certaines classiquement utilisées (e.g., imagerie anatomique et morphologique, imagerie de diffusion, imagerie fonctionnelle de repos et de tâche) et d’autres à développer chez l’enfant (e.g, imagerie de relaxométrie, imagerie de perfusion, imagerie spectroscopique). L’ambition est de mettre en œuvre des techniques d’imagerie du cerveau innovantes et pertinentes vis-à-vis des questions scientifiques et des contraintes liées aux jeunes âges des sujets imagés.
Missions et responsabilités :
1. Contribuer à la translation chez l’enfant des innovations méthodologiques
en matière de séquences et modalités d’acquisition à travers :
- Une analyse des besoins spécifiques à l’imagerie du cerveau de l’enfant (e.g., vitesses d’acquisition, mouvements involontaires pendant l’acquisition, bruit acoustique, aspects de débit d’absorption spécifique DAS, ergonomie, adaptation des protocoles à l’âge et la maturité des tissus cérébraux chez le jeune enfant) et aux études en
cours d’élaboration à l’IRDCE
-La proposition de solutions d’imagerie adaptées aux besoins et aux contraintes liées à l’imagerie pédiatrique basées sur des développements en interne (ex : solution de transmission parallèle,
« compressed sensing », acquisition non-cartésienne, séquences « custom »), ou sur des partenariats de recherche (ex : correction de mouvement), ou commerciales
-Le test des séquences dédiées sur fantôme ou sur volontaires
-L’analyse de la qualité des données
-Le tout permettant une expertise en neuroimagerie pédiatrique
couvrant l’acquisition, la reconstruction et l’analyse des images
2. Contribuer à la production des données d’imagerie sur les plateformes 3T et 7T de l’IRDCE :
-Installer, paramétrer des séquences IRM sur les différentes plateformes (Siemens Healthineers 3T Cima.X & 7T Terra.X, et Philips 3T MR 7700)
-Maintenir ces séquences et les protocoles d’imagerie tout au long des études cliniques
-Harmoniser les protocoles d’imagerie entre les sites et assurer les transferts d’innovation inter-sites
3.Participer à la communication des résultats de la recherche (participation à la rédaction des publications scientifiques, participations en conférences)
4.Conduire une veille scientifique dans le domaine de la neuroimagerie pédiatrique
Thèse – Reconstruction 3D avancée des voies biliaires et du foie pour l’amélioration de la cholangiopancréatographie rétrograde par voie endoscopique (CPRE)
Contexte
La cholangiopancréatographie rétrograde par voie endoscopique (CPRE) est un geste d'endoscopie digestive permettant d'intervenir au niveau des voies biliaires et pancréatiques pour traiter la maladie lithiasique (2 à 4% de la population touchée au cours de sa vie) et les néoplasies bilio-pancréatiques (2000 nouveaux cas de cancer des voies biliaires et 14000 nouveaux cas de cancer du pancréas par an en France). Ce geste invasif de CPRE est techniquement complexe car il nécessite deux étapes distinctes qui peuvent potentiellement chacune échouer. La première est l'accès, par les voies digestives jusqu'au duodénum, à la papille majeure en utilisant un endoscope à vision latérale appelé duodénoscope. La seconde, appelée cannulation, consiste à pénétrer, via cette papille majeure, dans les voies biliaires à l'aide d'un cathéter fin, équipé de différents instruments pour effectuer l’intervention proprement dite. Ce double accès endoluminal, pratiquement unique dans toutes les spécialités médicales, entraîne, de par sa technicité, environ 2% d'échec de la procédure et 20% de gestes complexes source de 4 à 9% de complications qui peuvent être graves pour le patient.
Objectif
Un programme de recherche soutenu par l’ANR (projet MAAGIE) est en cours entre l'hôpital Saint-Antoine et l’hôpital Mondor de l’AP-HP, l'Institut des systèmes intelligents et de robotique (ISIR), le laboratoire d’informatique de Paris (LIP6) et le laboratoire de biomécanique et bio ingénierie (BMBI) dont l'objectif principal est l'amélioration et la sécurisation globale de la CPRE en développant de nouveaux outils d'aide au pilotage et au guidage des instruments utilisés, de manière à diminuer les échecs et les complications de la CPRE au bénéfice du patient. La faisabilité de la reconstruction 3D des voies biliaires, du monitoring 3D peropératoire des voies bilio-pancréatiques, du tracking en temps-réel des instruments de CPRE et de la mise au point d'instruments actifs de nouvelle génération pour la CPRE a été démontré lors de 3 thèses de doctorat soutenues en 2024 [1, 2, 3].
Concernant plus précisément la reconstruction 3D des voies biliaires, un modèle d’apprentissage profond de type U-Net, utilisant une base de données de cholangio-IRM (séquence IRM spécifique permettant de visualiser la bile en hypersignal) a été mis au point et a donné de bons résultats dans de nombreux cas pathologiques, mais reste limité lors de cholangiocarcinome du hile hépatique. En effet, lorsque les voies biliaires sont obstruées, le signal de la bile disparait des cholangio -IRM et il devient très difficile de localiser leurs parois et de proposer une reconstruction 3D réaliste. D'autre part, une première étude de segmentation du foie à partir d’images tomodensitométriques (CT) ainsi qu’un étiquetage des différentes voies biliaires a été proposé dans le but d’évaluer le volume de foie drainé par chaque voie. Cependant cette labélisation automatique est un réel défi car, dans de
nombreux cas pathologiques, cet arbre biliaire est déformé (avec notamment des secteurs très dilatés) rendant son interprétation difficile. Enfin, l’endoscopiste doit avoir à disposition, un outil logiciel ergonomique, automatisé et répondant aux exigences réglementaires, afin de pouvoir facilement en faire usage en pratique clinique.
Descriptif :
Il s'agit donc, dans cette nouvelle thèse, de perfectionner la reconstruction 3D des voies biliaires et celle du foie en vue de son exploitation clinique, en suivant trois pistes d’investigation :
1. Intégrer des connaissances a priori des voies biliaires (propriétés géométriques, et anatomiques) dans les contraintes d’apprentissage du modèle U-Net, afin de prendre en compte les caractéristiques topologiques de l’arbre biliaire
2. Étudier le potentiel d’une fusion de données avec d'autres séquences d'IRM ou d'autres modalités d'imagerie, comme les examens CT disponibles pour chaque patient, pour compléter la localisation des parois des voies biliaires et leur connexion au foie dans toutes les situations cliniques que le médecin peut rencontrer, notamment dans le cas de cholangiocarcinome hilaire
3. Augmenter la base de données d’apprentissage afin de pouvoir passer à un modèle de réseaux de neurones en 3D, permettant alors d’exploiter la profondeur des séquences
Le but final est de proposer un outil ergonomique, interactif et conforme à la règlementation européenne pour un usage médical. L’exploitation clinique du modèle des voies biliaires comportera plusieurs volets :
- Les modèles numériques 3D obtenus profiteront à l’opérateur de CPRE en tant qu’outils d’assistance à la planification du geste : forme de l’arbre biliaire, localisation de la zone à traiter, évaluation du volume hépatique drainé en fonction de la voie biliaire identifiée, etc.
- Ils pourront être exploités comme environnement de réalité augmentée pour la localisation peropératoire (monitoring) et le suivi automatisé des instruments interventionnels de CPRE (tracking).
- Ils serviront de point de départ à la chaine numérique de réalisation de fantômes physiques imprimables en 3D pour l’entraînement et la mise au point de gestuelles particulières (cathéters actifs nouvelle génération).
Les étapes de la démarche scientifique adoptée permettront
• de faire l'état de l'art des méthodes de segmentation intégrant des connaissances a priori (numériques ou thématiques) dans les approches de segmentation d’images IRM/CT par deep learning
• de développer un outil logiciel complet selon les normes en vigueur (EN 62304 et EN 62366) en collaboration avec les utilisateurs cliniciens permettant la reconstruction 3D des voies biliaires et du foie
• d’évaluer l’impact de l’usage de cet outil par les cliniciens de l’hôpital Saint-Antoine et de l’hôpital H. Mondor sur leur pratique
Ce projet de thèse partant d’un besoin clinique clairement identifié et porté par des cliniciens est soutenu par l’ANR MAAGIE.
Profil du candidat recherché : Le candidat aura une formation poussée en traitement d'images, apprentissage profond, analyse de données, programmation et conception logicielle et aura une appétence certaine pour le génie biomédical, intégrant la pluridisciplinarité du domaine (besoin clinique, sécurité et qualité des soins, ingénierie d'aptitude à l'usage, innovation, etc.).
Direction de thèse et équipe projet :
L’encadrement de thèse sera assuré par
- Mme Marine Camus Duboc, professeur des Universités - praticien hospitalier dans le service d’endoscopie digestive de l’hôpital Saint-Antoine. Mme Camus Duboc apportera ses compétences
d'expert clinicien en CPRE à tous les stades de développement du logiciel depuis la phase de spécification jusqu’à l’étape de validation. Le Dr Camus Duboc pratique la CPRE quotidiennement, son expertise clinique est reconnue. Elle a de nombreuses publications scientifiques liées à l’endoscopie digestive notamment sur les techniques interventionnelles bilio-pancréatiques, sur la recherche translationnelle appliquée à l’endoscopie et sur l’intérêt d’outils innovants adaptés à la CPRE.
- Mme Isabelle Claude, maitre de conférences HC, spécialiste du traitement d'images médicales dans l’équipe Interactions Fluides/Structures Biologiques de BMBI qui a déjà participé à l’encadrement de travaux de thèse et de stage-ingénieur à l’interface clinique/ingénierie visant à la reconstruction 3D de vaisseaux sanguins à partir d’images médicales (Fistule artérioveineuse en dialyse, stenting d’anévrysmes cérébraux) et à l’utilisation de modèle de réseaux de neurones en traitement d’images (caractéristiques de textures par réseaux de neurones, reconstruction 3D de voies biliaires).
A l’UTC, l’équipe comprendra également M. Imad Rida (MCF), spécialiste en machine learning et data mining, M. Jérémy Laforêt (IR), spécialiste du développement logiciel et M. Jean-Matthieu Prot, (ECC) spécialiste des affaires réglementaires des dispositifs médicaux.
Publications en rapport avec le projet :
[1] Aymeric Becq, Jérôme Szewczyk, Grégoire Salin, Marion Chartier, Ulriikka Chaput, Romain Leenhardt, Xavier Dray, Lionel Arrive, Marine Camus, ERCP 2.0: Biliary 3D-reconstruction in patients with malignant hilar stricture, Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology, Volume 47, Issue 7, 2023, 102172, ISSN 2210-7401, https://doi.org/10.1016/j.clinre.2023.102172
[2] Abdelhadi Essamlali, Vincent Millot-Maysounabe, Marion Chartier, Grégoire Salin, Aymeric Becq, et al. Bile Duct Segmentation Methods Under 3D Slicer Applied to ERCP: Advantages and Disadvantages. International Journal of Biomedical Engineering and Clinical Science, 2023, 9 (4), pp.66-74. ⟨10.11648/j.ijbecs.20230904.11⟩
[3] Garance Martin, Saad El-Madafri, Aymeric Becq, Jérôme Szewczyk, Isabelle Bloch. Instruments Segmentation in X-ray Fluoroscopic Images for Endoscopic Retrograde Cholangio Pancreatography. Studies in Health Technology and Informatics, 2022, Studies in Health Technology and Informatics, 294, pp.133-134. ⟨10.3233/shti220416⟩
CDD-Ingenieur-TraitementImages-Bx
Contexte :
L’ingénieur en traitement d’images médicales sera intégré à l’axe de Recherche « Neurosciences » du CHU de Bordeaux sur le site du Groupe Hospitalier Pellegrin. Cet axe de Recherche défini comme prioritaire développe des recherches de pointe dans le domaine de la pathologie vasculaire cérébrale, des atteintes inflammatoires type sclérose en plaques, des démences, de la maladie de Parkinson et de l’épilepsie. L’ingénieur sera en interaction avec les équipes de recherche du CHU et les équipes de recherche en imagerie médicale de l’institut de Bio-imagerie, Université de Bordeaux.
Mission générale :
Il aura pour mission d'accompagner les équipes médicales (neurologues, neuroradiologues) et les équipes de recherche en participant activement aux analyses des imageries médicales, principalement IRM, sur des projets de recherche. Il sera en interaction avec les équipes médicales qui présenteront les problématiques de recherche. L’ingénieur devra savoir proposer des méthodes d’analyses d’images permettant de répondre aux problématiques scientifiques à travers une analyse de la littérature et la mise en œuvre des solutions déjà existantes. Il pourra aussi réfléchir à des solutions innovantes en interaction avec les chercheurs en imagerie médicale. Il devra pouvoir faire un rendu clair des analyses auprès des équipes.
Le présent poste fait l’objet d’un CDD d’1 an, renouvelable 3 fois, à temps plein.
Activités générales de l’ingénieur de recherche hospitalier :
- Définition de la conception technique et des spécifications détaillées d’un projet
- Elaboration de la définition et la faisabilité des projets avec les demandeurs
- Elaboration et proposition des modifications en cours de projet (objectifs, qualité, coûts, délais…) liées à des contraintes d’étude ou de réalisation
- Elaboration et rédaction de rapport d’activité
- Elaboration, mise en place et exploitation de tableaux de bord spécifiques au domaine d’activité
- Réalisation d’études et de travaux de recherche dans son domaine
- Réalisation d’outils et/ou de méthodes spécifiques à son domaine d’activité
- Réalisation ou supervision et contrôle du déroulement du projet
- Recherche de moyens financiers, humains, logistiques pour la mise en œuvre des projets
- Recueil / collecte de données ou informations spécifiques à son domaine d’activité
- Veille spécifique à son domaine d’activité
Missions spécifiques/Particularités du poste
- Recherche et extraction de données depuis l’Entrepôt de Données de Santé du CHU de Bordeaux en lien avec les équipes d’informatique médicale et les équipes de Recherche du Pôle Imagerie Médicale.
- S’assurer du respect du cadre réglementaire (aspects contractuels, consentement/non-opposition, pseudonymisation…) en lien avec l’inclusion des patients, l’exploitation de leurs données et l’utilisation secondaire des données le cas échéant.
- Structuration de bases de données propres à la Recherche incluant des données d’imagerie médicale et des données cliniques.
- Installation et mise en œuvre de solution de post-traitements d’images de type normalisation, recalage, délimitation automatique de lésions focales, parcellisation, volumétrie, analyses de connectivité anatomique et fonctionnelle, corrélation radio-clinique à l’échelle de l’image.
- Mise en œuvre des analyses au travers d’environnements de calcul intensif, calcul distribué, clusters, … (dont outils de gestion des priorités).
- Communication des résultats auprès des équipes investigatrices.
- Rédaction des méthodes utilisées pour la valorisation des résultats.
- Participation à des demandes de financements via la rédaction des méthodes d’analyses envisagées.
- Intervenir lors des colloques, congrès, etc… de Neurosciences et/ou Neuroimagerie
- Construire et/ou renforcer les collaborations entre les spécialistes des disciplines cliniques et les chercheurs et ingénieurs des laboratoires / équipes de recherche locales et régionales, partenaires de projets (Unités Inserm, CNRS, réseaux), ainsi que les partenaires industriels
- Des connaissances en Machine Learning seront un atout.
Toutes les infos : https://chu-bordeaux.softy.pro/offre/150645
PhD Position in Multisensory Evaluation of brain activity in Anorexia Nervosa
Project background :
We are seeking a highly motivated candidate to join our multidisciplinary research team at the Eating-Disorder Laboratory of Jean Monnet University, Saint-Etienne (TAPE). Led by Professor Bogdan Galusca, the TAPE team is renowned for its expertise in eating disorder research, spanning endoctrinology, nutrition, psychiatry, and medical imaging. Our team takes a comprehensive approach to understanding the biological, psychological, and social mechanisms of eating disorders, with the goal of identifying biomarkers, therapeutics targets, and developing innovative, personalized treatments. A major focus of our research is anorexia nervosa, a chronic and deadly psychiatric disorder characterized by excessive dietary control and aversion to fats, which complicates nutritional recovery. This projetc aims to investigate the brain mechanisms behing the multisensory perception (vision, smell, taste) of fats, a poorly understood phenomenon. Altered percception of lipieds in anorexia nervosa contributes to fat rejection and may perpetuate the disorder.
Research Objectives :
-Study the role of multisensory perception in aversion to fats
-Explore how sensory interdependance affects treatment approaches
-Conduct functional MRI experiments (3T) with olfactory, gustatory, and visual stimuli on patients and healthy individuals
Potential Impact :
The findings of this project could influence diagnostic, therapeutic, and preventive strategies for eating disorders, particulaarly anorexia nervosa, wihich remains inadequately addressed despite alarming rates of incidence, chronicity and mortality. This research aims to develop innovative tools for treating and desensitizing food-related phobias, with a focus on fatty foods, and to improve long-term prevention and care.
POSTDOCTORAL RESEARCHER IN MR IMAGING OF PANCREATIC CANCER- 4+12 months (potentially renewable)
As a Postdoctoral Researcher, you will:
- Conduct research projects focused on MR imaging for treatment response prediction and stratification of pancreatic cancer
- Develop and validate novel concepts in time-resolved diffusion imaging involving the analysis of diffusion coefficients at different spatial scales and considering kurtosis
- Conduct research projects based on MR elastography techniques (conventional and under pseudo static external load) involving multiple acoustic sources and frequencies
- Have access to preclinical models and clinical workflows for pancreatic cancer
- Train and optimize deep learning models for tumor segmentation and physics-informed tasks
- Publish your findings in peer-reviewed journals and in conferences
PhD Student Position in Preclinical Imaging (PET & MRI)- 3 years
We are seeking for a highly motivated PhD student to join our research team in the field of cardiac imaging with a focus on positron emission tomography (PET) and magnetic resonance imaging (MRI). This position starting in September 2025 is funded by the “Association Monégasque contre les Myopathies” and aims at developing new imaging approaches to identify with imaging the early stages of cardiac fibrosis in a rat model of genetic cardiomyopathy paving the way for the evaluation of new treatments.
Key Responsibilities:
- Conduct in vivo cardiac imaging using micro-PET and MRI scanners including optimization of acquisition protocols and image analysis
- Perform and analyze autoradiographies, histology and immunohistochemistry
- Contribute to the design of experiments, analysis of results and writing of abstracts and manuscripts
- Collaborate in a multi-disciplinary research environment and interact with experts in imaging and biology
Ingénieur CDD (H/F) développement d’algorithme d’imagerie médicale
Missions :
Nous recrutons un(e) Ingénieur(e) pour intégrer un projet interdisciplinaire (science et données) dans un laboratoire d’astrophysique et y développer un algorithme pour l’analyse d’images biomédicales.
Activités :
● Développer un algorithme d’analyse d’images biomédicales dans le respect des standards de qualité,
● Tester, valider et documenter l’algorithme,
● Intégrer des besoins utilisateurs,
● Rédiger des documents/notes techniques (analyse des besoins, spécifications, etc.)
● Présenter les avancées lors de réunions de travail,
● Éventuellement, encadrer des étudiants stagiaires dans des activités connexes.
Expert-e en développement d’expérimentation C1B42
L’ingénieur de recherche en techniques expérimentales est chargé d’organiser l’activité au sein de la plateforme MEG-OPM. Dans un premier temps, en association avec l’ingénieure responsable du pilotage expériemental, il/elle devra participer à l’implantation de l’équipement MEG nouvelle génération avec le fournisseur et avec un groupe d’utilisateurs de renommée internationale à fédérer autour du cahier des charges à rédiger en fonction de leurs protocoles de recherche qui concernent soit des thématiques très applicatives telles que l’épilepsie, les comas jusqu’à des recherches très fondamentales sur le fonctionnement neuronal.
ACTIVITES
ACTIVITES PRINCIPALES :
• Coordonner la gestion des équipements nécessaires aux différentes expérimentations à venir et en cours, sous la responsabilité des directeurs opérationnels de ces plateformes, et en lien avec les techniciens d’acquisition.
• Préparer et vérifier le bon fonctionnement des équipements (ordinateur d’acquisition, systèmes logiciels) au sein de la plateforme
• Mettre en place les expériences pour les utilisateurs (projets à venir, étude pilote...)
• Participer au recueil, la mise en forme et l’analyse des données enregistrées, en coordination avec les investigateurs, en vue de leur interprétation
• Proposer des évolutions dans l’acquisition et l’analyse des données en fonction des besoins nouveaux
• Assurer la sauvegarde et l’organisation des données acquises (data management)
• Organiser et contrôler l’utilisation collective des appareils
• Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité d’utilisation des appareils
• Participer à la mise en place d’une démarche qualité
• Superviser les plannings d’utilisation des ressources de la plateforme
ACTIVITES ASSOCIEES :
• Structurer une veille technologique
• Présenter, diffuser et valoriser les réalisations
• Conseiller dans son domaine d'expertise
• Assurer la formation des étudiants
Un(e) Ingénieur de recherche en techniques expérimentales (H/F)-ICM
L’ingénieur sera le responsable des interfaces homme-machine pour l'IRM fonctionnelle.
Rattaché au responsable opérationnel du CENIR, il sera chargé des missions suivantes :
•Assurer la mise en place, la gestion, le développement et la maintenance des systèmes d’interfaces homme-machine du CENIR dédiés à l'IRM fonctionnelle ainsi que des équipements dédiés au recueil des signes physiologiques et des données oculomotrices.
•Assurer une aide au développement et à l’adaptation des programmes de présentation des stimuli des équipes utilisatrices du CENIR IRM et du choix des séquences d'acquisition.
•Assurer un suivi et un contrôle qualité des données d'IRM fonctionnelle.
•Effectuer des missions annexes, concernant l’organisation, l’animation et le suivi de réunions techniques internes au CENIR et avec les partenaires principaux du CENIR.
Il sera intégré dans l'équipe des ingénieurs du CENIR IRM, et travaillera en lien étroit avec les utilisateurs du CENIR ( médecins, chercheurs, psychologues, ingénieurs, ...).
Il travaillera donc avec les équipes de recherche utilisatrices, avant (problèmes scientifiques et techniques), pendant (installation du matériel, résolution des problèmes techniques quotidiens et acquisition des signaux) et après (post-traitement des données) les sessions d’imagerie par résonance magnétique.
Postdocs, PhD students, volunteers, and interns-Columbia University
Laboratory of AI and Biomedical Science (LABS) is recruiting now at all levels! LABS (https://labslaboratory. com/) focuses on developing and applying artificial intelligence and machine learning (AI/ML) to various biomedical data related to human aging and disease. Dr. Junhao Wen is an Assistant Professor and the PI of LABS, based at the Department of Radiology at Columbia University (https://www.columbiaradiology.org/profile/junhao-hao-wen-phd) in New York (https://www.nygenome.org/about-us/our-people/faculty-scientists/affiliate-members/), and is also an Affiliated Member of the New York Genome Center. We look forward to working with the next generation of brilliant scientists.