FLI
Séminaires Avancés en Imagerie in vivo du Petit Animal
Le réseau SAIN (Small Animal Imaging Network), qui regroupe au niveau national des scientifiques impliqués dans l’imagerie du petit animal, organise des Séminaires Avancés en Imagerie in vivo du Petit Animal (SAIPAs). Les SAIPAs sont constitués de webinaires qui se succèdent.
Le prochain aura pour thème :
“Outils avancés pour le développement de séquences d’acquisition d’image IRM”.
Il aura lieu en français les 11 & 19 Octobre 2022.
Le public visé est composé des étudiants et chercheurs impliqués dans des projets reposant sur l’imagerie petit animal et intéressés par les techniques avancées d’acquisition de ces images.
Les objectifs des SAIPAs sont multiples :
- valoriser et diffuser l’expertise des membres du groupe SAIN
- former les chercheurs aux techniques avancées dans le domaine de l’imagerie in vivo du petit animal
- sensibiliser les participants au partage de données et d’outils dans ce domaine (respect de la politique des 3R, open data, traçabilité des traitements).
Les SAIPAs bénéficient de l’infrastructure FLI-IAM pour la gestion des données et l’exécution des pipelines.
Programme et organisation des séminaires “Outils avancés pour le développement de séquences d’acquisition d’image IRM”
Organisateurs Denis Grenier (Creatis, Lyon), Aurélien Trotier (RMSB, Bordeaux), Lucas Soustelle (CRMBM, Marseille), Paul Freitag (Brüker, Ettlingen)
Mardi 11 octobre 2022 9h30-12h Denis Grenier
- Bonnes pratiques en programmation de séquences
- Utilisation de l’IDE eclipse pour aider à la programmation des méthodes
- Utilisation de gdb debugger au lieu d’un tas de fonctions print.
Mardi 11 octobre 2022 13h30-16h Aurélien Trotier
- Données RAW + reco bruker
- Reconstruction hors ligne et limites pour les utilisateurs non experts
- Utilisation de Macro pour l’exécution de scripts
- Changements dans VISU_PARS pour l’affichage
- Exportation de Nifti en utilisant dicomifier
Mercredi 19 Octobre 2022 9h30-12h Lucas Soustelle
- Reconstruction en ligne avec AFI
- Impulsions arbitraires
- Réutilisation de modules existants
- Paul Freitag : Développements récents pour les développeurs dans ParaVision 360
- Les pires souvenirs (table ronde)
○ ppg debug ihMT 1u .res (LSO)
○ pas de commentaire autorisé sur ppg après #include
○ gérer le “java screen of death” (DG)
○ tuer la simulation -> tuer + hpdisp
○ simulations -> PV écrit un fichier xml quelque part pour chaque simulation -> HDD rempli
Volume horaire : 1 journée et demi (11 et 19 Octobre 2022)
Matériel : si possible l’accès à un système sous PV5, 6, 7, ou 360
Prérequis : Ce webinaire s’adresse aux personnes ayant déjà suivi la formation Bruker sur le développement de séquence et désirant apprendre à utiliser des méthodes et outils permettant de mieux programmer (meilleur ré-utilisabilité des codes, facilitation de la recherche des bugs, implémentation d’outils de traitement, éviter certains pièges conceptuels …).